T4 DNA 連接酶

描述：T4 DNA Ligase 可催化相鄰 DNA 鏈的 5’-P 末端和 3’-OH 末端以磷酸二酯鍵結(jié)合的反應(yīng)，需 ATP 作輔酶，不僅 可以催化粘性末端之間或平滑末端之間的 DNA 的連接，也 可以催化 DNA 與 RNA 之間以及少數(shù) RNA 之間的連接。可 應(yīng)用于在粘性末端或平末端連接雙鏈 DNA 分子，也可應(yīng)用 于修補(bǔ)雙鏈 DNA、RNA 或 DNA RNA 雜交體上的缺口。

組分

儲存：-20°C 可保存 2 年。
活性定義：16°C 反應(yīng) 30 分鐘條件下，使 1pmol 的粘性末端
DNA 連接所需要的酶量定義為 1Unit。
失活：65°C，10 分鐘。
10×T4 Ligase Buffer：500 mM Tris-HCl, pH 7.5, 50 mMMgCl2, 25mM DTT, 5mM ATP.
操作方法
1. 按以下組分配制反應(yīng)體系
10×T4 Ligase Buffer 2 μl
載體 50 ng(0.2-1pmol)
插入片段 1-50 ng(0.2-10pmol)
T4 DNA Ligase(200 U/μl) 1 μl
ddH2O Up to 20 μl
注意：兩個片段的連接時，通常載體與插入片段的摩爾比為1:3（但該比例并非絕對嚴(yán)謹(jǐn)，在 1:1-1：10 范圍內(nèi)均可獲得理想的實驗結(jié)果），提取根據(jù)片段大小與濃度，計算其摩爾濃度。
2. 如為粘末端連接反應(yīng)， 22°C （16-37°C）連接 30min，連接產(chǎn)物直接用于轉(zhuǎn)化（或凍存于-20°C）。

一、模板DNA：PCR反應(yīng)需要模板DNA，如從細(xì)胞、組織、血液中提取DNA等；

二、引物：PCR反應(yīng)的兩個引物，分別與模板DNA的兩端配對擴(kuò)增所需的特定區(qū)域，引物也可以合成為TA克隆等過程中使用到的引物；

三、dNTPs：PCR反應(yīng)中需要四種dNTPs，包括脫氧腺苷酸（dATP）、脫氧胸苷酸（dCTP）、脫氧鳥苷酸（dGTP）、脫氧胞嘧啶酸（dTTP），用于細(xì)胞分裂、DNA合成         等生物學(xué)過程，用于PCR擴(kuò)增的模板DNA鏈的延伸和擴(kuò)增；

四、Taq DNA聚合酶：PCR反應(yīng)需要的聚合酶，一般使用Taq聚合酶，還有一些其他種類的聚合酶如PFU、Phusion等，用于擴(kuò)增DNA鏈；

五、PCR buffer溶液：對PCR反應(yīng)具有緩沖作用，調(diào)節(jié)反應(yīng)pH，硫代硫酸氫鹽SDS、小分子有機(jī)化合物如甲醛，可增強(qiáng)PCR反應(yīng)特異性，從而提高反應(yīng)效率；

六、酶切體系：PCR擴(kuò)增往往涉及到重組、構(gòu)建和測序等等實驗步驟，常常需要進(jìn)行酶切操作。

七、MARK:一種分子量標(biāo)準(zhǔn)，用來判別DNA片段大小的工具。

八、DNA純化試劑盒：用于純化PCR反應(yīng)產(chǎn)物；

①Oligo dT
選擇Oligo dT時，要求RNA必須有Poly A，所以真核生物的mRNA都適用。適合長鏈甚至全長mRNA的RT，對RNA樣品的質(zhì)量要求較高，不要有明顯的DNA污染、RNA降解和RNA斷裂。假如想探索新的mRNA進(jìn)行RT反應(yīng)，建議推薦使用Oligo dT引物。使用Oligo dT引物要比隨機(jī)引物和特異性引物的穩(wěn)定性要好。
②隨機(jī)引物
適合各種RNA的RT，尤其適合模板豐度很低的情況（比如某個gene表達(dá)量很低）。選擇隨機(jī)引物時，鏈cDNA合成反應(yīng)中就是以所有的RNA為模板，然后進(jìn)行PCR反應(yīng)時設(shè)計引物進(jìn)行特異性擴(kuò)增。同時要注意隨機(jī)引物的量和總RNA量之間的關(guān)系，一般建議每5µg總RNA的隨機(jī)引物的用量為50ng，如果每5µg總RNA的隨機(jī)引物的用量超過250ng，可能會導(dǎo)致小片段產(chǎn)物（＜500bp）的增加和長片段、全長產(chǎn)物的降低。
③特異性引物
基因特異性引物（GSP）是某個基因序列的一部分，與模板互補(bǔ)的引物。該引物需要結(jié)合目標(biāo)RNA的已知序列進(jìn)行設(shè)計。由于引物和RNA序列特異性結(jié)合，每個目標(biāo)RNA都需要一套新的基因特異性引物。因此，當(dāng)分析多種目標(biāo)時，則需要適用更多的RNA樣本。而且不同引物退火溫度本來就不相同，所以一般不推薦使用。如需要使用特異性引物，建議對退火溫度進(jìn)行優(yōu)化。