1.高通量的研究基因功能

在后基因組時代，需要大規(guī)模高通量的研究基因的功能，由于RNAi能特異的阻斷基因的表達，因而RNAi成為研究基因功能的很好的工具。研究者將線蟲三號染色體上2232個基因對應的dsrna合成出來，并注射到線蟲性腺內(nèi)，然后觀察子代細胞分裂時出現(xiàn)的異常表型，結果發(fā)現(xiàn)了133個基因與細胞分裂異常有關。其中104個基因以前沒有發(fā)現(xiàn)有這種功能。在另外一項研究中，線蟲一號染色體上的2416個基因對應的dsRNA被構建到細菌文庫中，然后將細菌喂給線蟲，觀察形態(tài)學的異常，異常的運動，性別比例的變化，不孕的情況，結果將于這些表型有關的基因從70個增加到178個。

2.基因敲除

在線蟲的體內(nèi)外試驗中，RNAi都能達到基因敲除的結果，從而成為研究這些基因功能的良好工具。對于哺乳動物，RNAi能在體外培養(yǎng)的細胞達到基因敲除的效果，對于一些敲除后小鼠在胚胎時就會死亡的基因，可以在體外培養(yǎng)的細胞中利用rnai技術研究它的功能。由于RNAi能特異的阻斷基因的表達，它成為研究信號傳導通路的良好工具。在線蟲體內(nèi)，胰島素和受體結合后可以活化DSOR1,它是MEK的類似物，DSOR1活化后可以激活ERKA,它是ERK的類似物。用以DSOR1為靶目標的dsRNA可以阻斷DSOR1的表達，雖然總的ERKA的表達不受影響，但由于DSOR1的表達被抑制，因而胰島素刺激后ERKA不能活化。RNAi還被用來研究在發(fā)育過程中起作用的基因，如可用RNAi來阻斷某些基因的表達，來研究他們是否在胚胎干細胞的增殖和分化過程中其起著關鍵作用。

3.基因治療

目前抑制基因表達常采用反義技術或轉入沒有功能的突變體與該基因競爭。這兩種方法對基因表達的抑制都不如RNAi特異持久。作為基因治療的工具，RNAi既特異，又簡便易行。RNAi在某個基因表達異常增高引起的疾病中會非常有用，如病毒感染，腫瘤等。CDK-2是調(diào)控細胞周期的一個關鍵基因，用以CDK-2位靶目標的dsRNA能阻斷99.7%的細胞中CDK-2的表達，而在對照中只有0.2%的細胞中CDK-2基因的表達降低