上海滬宇生物科技有限公司作者
材料和方法
1. Eppendorf cMaster RTplusPCR系統(tǒng)
2. Eppendorf Perfect RNA Eukaryotic試劑盒
3. 所有的PCR反應均在Eppendorf Mastercycler-gradient梯度PCR儀上進行。
實驗1:一步法靈敏度檢測RT-PCR
擴增目標:500 bp 的人α微管蛋白mRNA 片段。
模板RNA:從人HELA細胞中純化的總RNA。反應中應用的模板濃度從1μg遞減至10pg。
方案:Eppendorf cMaster RTplusPCR系統(tǒng),標準一步法RT-PCR方案。1:10 稀釋RTplusPCR 緩沖液,鎂離子終濃度2.5 mM,反應總體積50μl
循環(huán)參數(shù):
循環(huán) | 步驟 | 溫度 | 時間 | 描述 |
---|---|---|---|---|
1x 1 | 1 | 50°C | 30分鐘 | 逆轉錄 |
1x 2 | 2 | 94°C | 3分鐘 | 初始變性 |
40x { | 3 | 94°C | 15秒 | 模版變性 |
4 | 68°C | 45秒 | 引物退火/延伸 |
cMaster RTplusPCR 系統(tǒng)顯示出一種依賴于模板RNA 量的寬廣的產物產量動力學范圍。能從低至10 pg 的HELA 總RNA中檢測到α微管蛋白mRNA。
實驗2:一步法擴增長片段RT-PCR
擴增目標:5.3 kb 的人結節(jié)性腦硬化因子(hTSF)mRNA 片段。
模板RNA:從人HELA 細胞中純化的總RNA。反應中應用的模板濃度為100 ng 和10 ng。
方案:Eppendorf cMaster RTplusPCR 試劑盒,針對長模板的特殊RT-PCR 方案。
設置一步法RT-PCR 反應。
成分 | 50μl RT-PCR反應體積 | 反應成分的終濃度 |
---|---|---|
不含RNA 酶的水 | 2.5μl | |
dNTP 混合物每種dNTP 濃度均為10 mM | 2.5μl | 500μM |
hTSF正向引物 | 1.0μl | 200 nM |
hTSF反向引物 | 1.0μl | 200 nM |
總HELA RNA | 3.0μl | 每個反應中中含10ng-100ng |
MasterMix 1 | 10.0μl | |
不含RNA 酶的水 | 34.0μl | |
含鎂離子的RTplusPCR 反應緩沖液 | 5.0μl | 1×;2.5 mM 鎂離子 |
cMaster RT 酶 | 0.5μl | 0.15U /μl |
cMaster PCR 酶混合物 | 0.5μl | 0.05U /μl |
MasterMix 2 | 40.0μl |
循環(huán)程序參數(shù)
循環(huán) | 步驟 | 溫度 | 時間 | 描述 |
---|---|---|---|---|
1x | 1 | 65°C | 5分鐘 | 初始RNA變性 |
1x | 2 | 42°C | 60分鐘 | 逆轉錄 |
1x | 3 | 93°C | 3分鐘 | 初始變性 |
35x { | 4 | 94°C | 15秒 | 模版變性 |
5 | 59°C | 30秒 | 引物退火 | |
6 | 68°C | 5.5分鐘 | 引物退火 |
應用一步法RT-PCR 方法,可以從100 ng 和10 ng 總RNA 中檢測到5.3 kb 的hTSF PCR 產物。這個PCR 反應非常困難,大多數(shù)RT-PCR 試劑盒生產廠家從未發(fā)布過應用一步法方案,有效擴增類似長度模板的結果。相反,Eppendorf 試劑盒能穩(wěn)定可靠地從10 ng HELA 細胞RNA 中擴增該產物。
實驗3:兩步法RT-PCR
兩步法RT-PCR 的擴增目標:
500 bp 的(鼠和人)α微管蛋白mRNA 片段
1.3kb 的(鼠和人)腫瘤壞死因子受體(TNFR1)mRNA 片段
5.3 kb 的人結節(jié)性腦硬化因子(hTSF)mRNA 片段
12.3 kb 的鼠動力蛋白mRNA 片段
方案:Eppendorf cMaster RTplusPCR 試劑盒,采用產品說明書中的針對普通長度模板和較長模板的兩步法RT-PCR 程序。所有的逆轉錄反應均采用0.5μg 的Oligo(dT)20 引物為引物。
設置*步RT 反應
成分 | 以Oligo(dT)20 為引物進行逆轉錄 | 反應成分的終濃度 |
---|---|---|
不含RNA 酶的水 | 加至MasterMix 1 總體積為10μl | |
dNTP 混合物每種dNTP 濃度均為10 mM | 1.0μl | 1mM |
Oligo(dT)20 引物(0.5μg /μl) | 1.0μl | 25ng/μl |
模版RNA | ||
HELA (350ng/μl) | 3.0μl | } 1μg總RNA |
A細胞(1 μg/μl) | 1.0μl | |
L細胞(220ng/μl) | 4.5μl | |
McCoy細胞(135ng/μl) | 7.0μl | |
MasterMix 1 | 10.0μl | |
不含RNA 酶的水 | 5.0μl | |
含鎂離子的RTplusPCR 反應緩沖液 | 4.0μl | 2×;5 mM 鎂離子 |
RTplusPCR 反應緩沖液 | ||
cMaster RT 酶 | 1μl | 0.75U /μl |
MasterMix 2 | 10.0μl |
設置第二步PCR 反應
成分 | 普通PCR(微管蛋白TNFR1) | 長片段(動力蛋白,hTSF) | 反應成分終濃度 |
---|---|---|---|
不含RNA 酶的水 | 7.0μl | 6.0μl | |
正向引物 | 1.0μl | 1.0μl | 0.2μM |
反向引物 | 1.0μl | 1.0μl | 0.2μM |
*步逆轉錄反應產物 | 1.0μl | 2.0μl | N / A |
MasterMix 3 | 10.0μl | 10.0μl | |
33.6μl | |||
不含RNA 酶的水 | 33.6μl | 32.0μl | |
含25 mM 鎂離子的RTplusPCR 反應緩沖液 | 5.0μl | - | 1×;2.5 mM 鎂離子 |
含25 mM 鎂離子的 10×Tuning 反應緩沖液 | - | 5.0μl | 1×;2.5 mM 鎂離子 |
dNTP 混合物/ 每種dNTP 濃度均為10 mM | 1.0μl | 2.5μl | 200μM(500μM) |
cMaster PCR 酶混合物 | 0.4μl(2U) | 0.5μl(2.5U) | 0.04-0.05 U /μl |
MasterMix 4 | 40.0μl | 40.0μl |
RT反應條件
步驟 | 溫度 | 時間 | 描述 |
---|---|---|---|
1 | 65°C | 5分鐘 | 初始模版變性 |
2 | 0°C | 5分鐘 | 冷卻變性模版 |
3 | 42°C | 60分鐘 | *鏈cDNA合成 |
4 | -20°C | 直到PCR | 引物退火/延伸 |
注:動力蛋白的逆轉錄孵育時間延長至90 分鐘。
循環(huán) | 步驟 | 溫度 | 時間 | 描述 |
---|---|---|---|---|
1x | 1 | 94°C | 3分鐘 | 初始變性 |
35x { | 2 | 94°C | 15秒 | 模版變性 |
3 | 68°C | 40s/60s | 引物退火/延伸 |
* -- 微管蛋白
** -- TNFR1
hTSF 和動力蛋白的三步循環(huán)方案
循環(huán) | 步驟 | 溫度 | 時間 | 描述 |
---|---|---|---|---|
1x | 1 | 93°C | 3分鐘 | 初始模版變性 |
35x{ | 2 | 93°C | 15秒 | 模版變性 |
3 | 56°C | 30秒 | 引物退火 | |
4 | 68°C | 12分鐘 | 引物延伸 |
不同大小目的片段所采用的延伸時間和退火溫度
目的片段 | 微管蛋白 | TNFR1 | hTSF | 動力蛋白 |
---|---|---|---|---|
延伸時間(PCR) | 40秒 | 1分鐘 | 5.5 分鐘 | 12 分鐘 |
退火溫度 | 68℃ | 68℃ | 59℃ | 56℃ |
退火時間 | - | - | 30 秒 | 30 秒 |
每循環(huán)增加時間 | - | - | - | 20 秒 |
結果
對5 種不同表達水平的基因進行RT-PCR。為了得到zui高的靈敏度,RT 和PCR 反應分開進行。如圖3 所示,對于α微管蛋白和TNFR1,我們可以應用兩步法RT-PCR 方法并將退火和延伸步驟合并為進行一次68℃ 孵育。如圖3 所示,無論片段長度大小和拷貝數(shù)高低,所有反應都可以順利進行。即使對于動力蛋白這種特別長(達12.3 kb)的稀有轉錄本,用cMaster RTplusPCR 系統(tǒng)也能夠進行有效擴增,而且結果具有的重復性,表明即使對于困難的RT-PCR 反應, Eppendorf 試劑盒也能獲得可靠結果。
討論
cMaster RT 系統(tǒng)是為了給所有的RT 和RT-PCR 應用提供zui大的靈活性而設計的。該試劑盒結合了重組的同二聚體病毒逆轉錄酶和*的RTplusPCR 反應緩沖液系統(tǒng),可以在較寬的溫度范圍(37℃-60℃)和0.2kb-12.5kb產物大小范圍內進行有效的cDNA 合成。cMaster RTplusPCR 酶混合物兼具熱穩(wěn)定性DNA 聚合酶活性,校正功能輔助的保真性和高延伸效率。應用于一步法中,可以靈敏地檢測到極少量的總RNA 并擴增出長達5.3 kb的cDNA。兩步法方案可以從RT 反應中擴增多個目的cDNA,PCR產物的片段長度可增加至12.3 kb。 其他的擴展應用:系統(tǒng)的逆轉錄部分即cMaster RT 可以與任何PCR系統(tǒng)合用或者為其他下游應用如雜交實驗合成cDNA 探針。
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