PCR技術(shù)必須有人工合成的合理引物和提取的樣品DNA，然后才進行自動熱循環(huán)，zui后進行產(chǎn)物鑒定與分析。引物設計與合成目前只能在少數(shù)技術(shù)力量較強的研究院、所進行，臨床應用只需購買pcr檢測試劑盒就可開展工作，PCR自動熱循環(huán)中影響因素很多，對不同的DNA樣品，PCR反應中各種成份加入量和溫度循環(huán)參數(shù)均不一致。現(xiàn)將幾種主要影響因素介紹如下。
一、溫度循環(huán)參數(shù)
在PCR自動熱循環(huán)中，zui關(guān)鍵的因素是變性與退火的溫度。如操作范例所示，其變性、退火、延伸的條件是：94℃60s, 37℃60s, 72℃120s，共25～30個循環(huán)，擴增片段500bp。在這里，每一步的時間應從反應混合液達到所要求的溫度后開始計算。在自動熱循環(huán)儀內(nèi)由混合液原溫度變至所要求溫度的時間需要30～60s，這一遲滯時間的長短取決于幾個因素，包括反應管類型、壁厚、反應混合液體積、熱源（水浴或加熱塊）以及兩步驟間的溫度差，在設置熱循環(huán)時應充分給以重視和考慮，對每一儀器均應進行實測。
關(guān)于熱循環(huán)時間的另一個重要考慮是兩條引物之間的距離；距離越遠，合成靶序列全長所需的時間也越長，前文給出的反應時間是按zui適于合成長度500bp的靶序列擬定的。下面就各種溫度的選擇作一介紹。
1．模板變性溫度變性溫度是決定PCR反應中雙鏈DNA解鏈的溫度，達不到變性溫度就不會產(chǎn)生單鏈DNA模板，PCR也就不會啟動。變性溫度低則變性不*，DNA雙鏈會很快復性，因而減少產(chǎn)量。一般取90～95℃。樣品一旦到達此溫度宜迅速冷卻到退火溫度。DNA變性只需要幾秒種，時間過久沒有必要；反之，在高溫時間應盡量縮短，以保持Taq dna聚合酶的活力，加入Taq DNA聚合酶后zui高變性溫度不宜超過95℃。
2．引物退火溫度退火溫度決定PCR特異性與產(chǎn)量；溫度高特異性強，但過高則引物不能與模板牢固結(jié)合，DNA擴增效率下降；溫度低產(chǎn)量高，但過低可造成引物與模板錯配，非特異性產(chǎn)物增加。一般先由37℃反應條件開始，設置一系列對照反應，以確定某一特定反應的zui適退火溫度。也可根據(jù)引物的（G+C）%含量進行推測，把握試驗的起始點，一般試驗中退火溫度Ta(annealing temperature)比擴增引物的融解溫度TTm(melting temperature)低5℃，可按公式進行計算：
Ta = Tm - 5℃= 4(G+C)+ 2(A+T) -5℃
其中A，T，G，C分別表示相應堿基的個數(shù)。例如，20個堿基的引物，如果（G+C）%含量為50%時，則Ta的起點可設在55℃。在典型的引物濃度時（如0.2μmol/L）,退火反應數(shù)秒即可完成，長時間退火沒有必要。
3．引物延伸溫度溫度的選擇取決于Taq DNA聚合酶的zui適溫度。一般取70～75℃，在72℃時酶催化核苷酸的標準速率可達35～100個核苷酸/秒。每分鐘可延伸1kb的長度，其速度取決于緩沖溶液的組成、pH值、鹽濃度與DNA模板的性質(zhì)。擴增片段如短于150bp，則可省略延伸這一步，而成為雙溫循環(huán)，因Taq DNA聚合酶在退火溫度下足以完成短序列的合成。對于100～300bp之間的短序列片段，采用快速、簡便的雙溫循環(huán)是行之有效的。此時，引物延伸溫度與退火溫度相同。對于1kb以上的dna片段，可根據(jù)片段長度將延伸時間控制在1～7min，與此同時，在PCR緩沖液中需加入明膠或BSA試劑，使Taq DNA聚合酶在長時間內(nèi)保持良好的活性與穩(wěn)定性；15%～20%的甘油有助于擴增2.5kb左右或較長DNA片段。
4．循環(huán)次數(shù)常規(guī)PCR一般為25～40個周期。一般的錯誤是循環(huán)次數(shù)過多，非特異性背景嚴重，復雜度增加。當然循環(huán)反應的次數(shù)太少，則產(chǎn)率偏低。所以，在保證產(chǎn)物得率前提下，應盡量減少循環(huán)次數(shù)。
擴增結(jié)束后，樣品冷卻并置4℃保存。
二、引物引物設計
要擴增模板DNA，首先要設計兩條寡核苷酸引物，所謂引物，實際上就是兩段與待擴增靶DNA序列互補的寡核苷酸片段，兩引物間距離決定擴增片段的長度，兩引物的5’端決定擴增產(chǎn)物的兩個5’末端位置。由此可見，引物是決定PCR擴增片段長度、位置和結(jié)果的關(guān)鍵，引物設計也就更為重要。
引物設計的必要條件是與引物互補的靶DNA序列必須是已知的，兩引物之間的序列未必清楚，這兩段已知序列一般為15～20個堿基，可以用DNA合成儀合成與其對應互補的二條引物，除此之外，引物設計一般遵循的原則包括：
