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上海研拓生物科技有限公司

小鼠肝基因組DNA制備的實驗方法

時間:2013-11-11閱讀:234
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試劑及器材

1.試劑

蛋白酶K:稱取20mg蛋白酶K溶于1ml消毒雙蒸水中,-20℃?zhèn)溆谩?/p>

RNase(牛胰):稱取10mgRNase溶于1ml下列混合液中:10mmol/l Tris-HCl,pH8.0; 1mmol/L EDTANa2 pH8.0;

10%SDS溶液:稱取10gSDS溶于100ml消毒雙蒸水中,于65℃保溫2小時,貯存室溫備用。

1×TE緩沖液(pH8.0):10mmol/L Tris-HCl pH8.0;1mmol/LEDTANa2 pH8.0。配制后高壓滅菌,4℃貯存。

1×TE飽和重蒸酚(pH8.0)

氯仿/異戊醇(24:1V/V)

10mol/LNH4AC,配制后高壓滅菌,4℃貯存

無水乙醇(AR)

70%乙醇

2.器材

玻璃勻漿器;離心機(jī);電泳儀;電泳槽;紫外透射反射分析儀

實驗操作

1.組織DNA的提取

① 取小鼠新鮮肝組織,去除結(jié)締組織,用剪刀剪成細(xì)小碎塊

② 加10倍體積TE緩沖液,用玻璃勻漿器在冰浴中中速勻漿;將勻漿液轉(zhuǎn)入10ml離心管以4000rpm離心10分鐘,棄上清;加10倍體積TE洗一遍,以4000rpm離心10分鐘,棄上清

③ 加適量TE稀釋

④ 取400μl稀釋液于1.5ml的Eppendorf管,緩慢加入10%SDS溶液,至終濃度0.5%  (加20μl),搖勻直至溶液變粘稠

⑤ 加入Rnase(200μg/ml)至終濃度20ug/ml(42μl)混勻,置37℃保溫60分鐘(總體積 420μl)。

⑥ 加蛋白酶K(20mg/ml)至終濃度100ug/m1混勻(加21ul),于50℃保溫3小時,并間歇攪動(總體積441μl)。

⑦ 將此溶液冷卻至室溫,加等體積飽和酚抽提,以10000rpm離心10分鐘;取上清加1/2體積飽和酚,1/2體積氯仿/異戊醇抽提一次,以10000rpm離心10分鐘;取上清,加等體積氯仿/異戊醇抽提一次,以10000rpm離心10分鐘;加1/10體積5MKAc,加2倍體積無水乙醇充分混勻,以12000rpm離心10分鐘

⑧ 加lml70%乙醇洗沉淀,以12000rpm離心10分鐘

⑨ 待酒精揮發(fā)盡后加20ul TE溶解,4℃儲存

2.電泳鑒定

取DNA樣品2μl加上樣緩沖液10μl ,在0.8%瓊脂糖凝膠進(jìn)行水平微型電泳,電壓<5V/cm,時間2小時左右。電泳后取出凝膠,用0.5μg/ml的溴化乙錠染色20分鐘,用紫外燈觀察分析。

DNA以核蛋白形式存在于細(xì)胞核中,制備DNA的原則是既要將DNA與蛋白質(zhì)、脂類和糖類等分離,又要保持DNA分子的完整。蛋白酶K及*E的應(yīng)用使這兩個原則得到了保證。

蛋白酶K或*E均為廣譜蛋白酶,其重要特性是能在SDS和EDTA存在下保持很高的活性。在勻漿后提取DNA的反應(yīng)體系中,SDS可破壞細(xì)咆膜、核膜,并使組織蛋白與 DNA分子分離,EDTA抑制細(xì)胞中DNase活性,蛋白酶K或*E將蛋白質(zhì)降解成小肽或氨基酸,使DNA分子完整地分離出來。再用酚、酚/氯仿抽提除去蛋白質(zhì),接著用氯仿抽提以除去DNA溶液中微量酚的污染。zui后用無水乙醇沉淀DNA。為獲得高純度DNA,操作過程中常加入RNase除去RNA。獲得高分子量DNA的關(guān)鍵是防止DNase降解DNA。故標(biāo)本必須新鮮,在提取前細(xì)胞就保持完整,核、溶酶體等細(xì)胞器應(yīng)沒有明顯破壞,提取DNA用的離心管等器皿及試劑應(yīng)消毒。操作在4℃以下進(jìn)行。

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