多肽熒光標(biāo)記結(jié)合成像技術(shù)后可用于識別特定靶點(diǎn)。共聚焦或熒光顯微鏡的體外成像仍然是研究細(xì)胞內(nèi)各種生物過程和相互作用十分有效的方法之一。與蛋白質(zhì)不同，這些肽定位于肌動蛋白上的特定靶點(diǎn)，不易聚集蛋白質(zhì)，因此非常適合于體外跟蹤。同樣，F(xiàn)ITC標(biāo)記的CPP也可被用于細(xì)胞內(nèi)組分的成像，且其細(xì)胞毒性低。
其中，F(xiàn)ITC是一種胺活性的熒光染料，可廣泛的用于標(biāo)記多肽和蛋白質(zhì)。合生生物在N端標(biāo)記Fitc，都會建議在后面一個氨基和由異硫氰酸酯與氨基反應(yīng)產(chǎn)生的硫脲鍵之間引入烷基間隔器（alkyl spacer）如AJYS（Ahx）。鏈接切割需要酸性環(huán)境，在N端標(biāo)記FITC的多肽需經(jīng)歷環(huán)化作用來形成熒光素，通常會伴有后面一個氨基酸的去除，但當(dāng)有一個間隔器如AJYS，或者是通過非酸性環(huán)境將目的肽從樹脂上切下來時，這種情況可避免。空間位阻被認(rèn)為是在熒光染料前使用Ahx的主要原因，而不是為什么FITC不能直接偶聯(lián)在多肽上的原因。