微波萃取的機理可從以下3個方面來分析:
1)微波輻射過程是高頻電磁波穿透萃取介質(zhì)到達物料內(nèi)部的微管束和腺胞系統(tǒng)的過程。
由于吸收了微波能，細胞內(nèi)部的溫度將迅速上升，從而使細胞內(nèi)部的壓力超過細胞壁膨脹所能承受的能力;
結(jié)果細胞破裂，其內(nèi)的有效成分自由流出，并在較低的溫度下溶解于萃取介質(zhì)中。
通過進一步的過濾和分離，即可獲得所需的萃取物。
2)微波萃取所產(chǎn)生的電磁場可加速被萃取組分的分子由固體內(nèi)部向固液界面擴散的速率。
例如，以水作溶劑時，在微波場的作用下，水分子由高速轉(zhuǎn)動狀態(tài)轉(zhuǎn)變?yōu)榧ぐl(fā)態(tài)，這是一種高能量的不穩(wěn)定狀態(tài)。
此時水分子或者汽化以加強萃取組分的驅(qū)動力，或者釋放出自身多余的能量回到基態(tài)，所釋放出的能量將傳遞給其他物質(zhì)的分子;
以加速其熱運動，從而縮短萃取組分的分子由固體內(nèi)部擴散至固液界面的時間;
結(jié)果使萃取速率提高數(shù)倍，并能降低萃取溫度，限度地保證萃取物的質(zhì)量。
3)由于微波的頻率與分子轉(zhuǎn)動的頻率相關連，因此微波能是一種 由離子遷移和偶極子轉(zhuǎn)動而引起分子運動的非離子化輻射能;
當它作用于分子時，可促進分子的轉(zhuǎn)動運動，若分子具有一定的極性;
即可在微波場的作用下產(chǎn)生瞬時極化，并以24.5億次/s的速度作極性變換運動;.
從而產(chǎn)生鍵的振動、撕裂和粒子間的摩擦和碰撞，并迅速生成大量的熱能;
促使細胞破裂，使細胞液溢出并擴散至溶劑中。
