一是農(nóng)業(yè)面源污染來源多樣化，資源綜合利用程度低。我國農(nóng)業(yè)面源污染來源主要可分為過量使用的農(nóng)業(yè)投入品和缺乏綜合利用的農(nóng)業(yè)廢棄物。我國化肥、生產(chǎn)和使用量均位居世界*，但利用率卻比世界發(fā)達(dá)低15%—20%。過量的化肥、農(nóng)膜在土壤和水體中大量殘留不僅影響了農(nóng)業(yè)可持續(xù)發(fā)展，而且還對食品構(gòu)成了威脅。

畜禽糞便、秸稈、農(nóng)膜等綜合利用率低，成為重要的污染源之一。目前在全國，甚至一些規(guī)?；笄蒺B(yǎng)殖場都沒有配套污染治理設(shè)施，其產(chǎn)生的畜禽糞便、污水和惡臭氣體對區(qū)域空氣、地表水和地下水造成了嚴(yán)重污染，成為農(nóng)村環(huán)境污染的主要因素之一。同時，我國是zui大的水產(chǎn)養(yǎng)殖國，養(yǎng)殖產(chǎn)量約占的70%，面源污染使得水產(chǎn)養(yǎng)殖和環(huán)境保護(hù)之間的矛盾日益尖銳。

我國農(nóng)用塑料薄膜覆蓋面積大、消耗量多，每年使用量達(dá)260萬噸，占世界消耗總量的60%以上。由于農(nóng)膜較薄、難降解、回收率低，成為“白色污染”。我國每年產(chǎn)生秸稈9億噸，秸稈就地焚燒不但浪費(fèi)資源，而且污染空氣。廢棄的秸稈在田溝或河道中腐爛，進(jìn)入水體造成嚴(yán)重的COD污染。雖然我國秸稈綜合利用率達(dá)80%，但超過60%的秸稈被直接還田，或者制成肥料、飼料等，這些利用方法技術(shù)含量低，每噸秸稈的產(chǎn)值不足500元，這種低附加值的秸稈利用模式亟須轉(zhuǎn)型升級。

二是農(nóng)村生活垃圾、污水欠缺處理，環(huán)保基礎(chǔ)設(shè)施薄弱、運(yùn)行率低。我國約有4萬個鄉(xiāng)鎮(zhèn)、60萬個行政村和260多萬個自然村，每年產(chǎn)生垃圾量大約為1.5億噸。大部分鄉(xiāng)鎮(zhèn)由于資金匱乏，未配備的固定垃圾轉(zhuǎn)運(yùn)站和垃圾運(yùn)輸工具，生活垃圾亂扔、亂棄，“垃圾圍村”現(xiàn)象非常普遍。據(jù)統(tǒng)計數(shù)據(jù)顯示，我國農(nóng)村垃圾處理率只有50%左右。農(nóng)村生活垃圾處理的普遍方式是簡易填埋和露天焚燒，大量隨意堆放的垃圾不僅破壞農(nóng)村原本的自然生態(tài)面貌、浪費(fèi)了資源，還經(jīng)常引起害蟲孳生，造成疾病傳播和嚴(yán)重的環(huán)境污染。

我國鄉(xiāng)鎮(zhèn)污水處理設(shè)施建設(shè)同樣滯后，河道、地下水和土壤污染問題突出，部分鄉(xiāng)村“污水橫流”。目前，我國有6.74億農(nóng)村人口，每天產(chǎn)生3000多萬噸生活污水。隨著生活用水、生產(chǎn)量的提高，農(nóng)村生活污水、農(nóng)業(yè)源廢水污染物排放量還將持續(xù)處于高位。盡管污水處理技術(shù)日趨成熟，如厭氧—好氧—人工濕地或生態(tài)塘工藝等，但我國農(nóng)村污水處理率很低，目前全國僅有10%左右的農(nóng)村配套了污水處理設(shè)施，已建設(shè)施的運(yùn)行率也不足10%;絕大多數(shù)農(nóng)村污水未經(jīng)處理而直接排入水體或滲入地下。