深圳子科生物報道:哈爾濱醫(yī)科大學大慶校區(qū)醫(yī)學信息學系李春權(quán)教授的生物信息課題組在轉(zhuǎn)錄因子領域取得重大成果,研究論文《KnockTF:a comprehensive human gene expression profile database with knockdown/knockout of transcription factors》于2019年10月被Nar雜志(Nucleic Acids Research,SCI影響因子11.147)接收并已發(fā)表,張建老師作為共同通訊作者,馮陳晨老師為第yi作者。
KnockTF數(shù)據(jù)庫是一個全面的人類轉(zhuǎn)錄因子敲降/敲除的基因表達譜數(shù)據(jù)庫。轉(zhuǎn)錄因子(Transcription Factor, TF)及其靶基因在人類疾病和生物學過程中起重要作用,轉(zhuǎn)錄因子敲降/敲除前后的基因表達譜分析是獲得轉(zhuǎn)錄因子靶基因、探索轉(zhuǎn)錄因子功能的zui重要策略之一。
KnockTF提供了大量與轉(zhuǎn)錄因子敲降/敲除相關的人類基因表達譜數(shù)據(jù)集、轉(zhuǎn)錄因子及其靶基因的注釋信息、轉(zhuǎn)錄因子的上游通路信息和下游靶基因的功能注釋信息,以及轉(zhuǎn)錄因子綁定到靶基因啟動子、增強子和超級增強子的詳細綁定信息。
KnockTF數(shù)據(jù)庫構(gòu)建了一個轉(zhuǎn)錄因子——差異表達基因網(wǎng)絡,方便用戶進行網(wǎng)絡分析可視化,幫助闡明了轉(zhuǎn)錄因子相關的功能和潛在的生物學效應。上線一個月內(nèi),數(shù)據(jù)庫網(wǎng)站點擊率已達到1300余次,在轉(zhuǎn)錄因子的研究領域正在發(fā)揮著良好的作用,為生命科學領域提供了強大的轉(zhuǎn)錄因子及增強子生物信息資源和分析策略。
該研究得到了國家自然科學基金、黑龍江省自然科學基金、博士后基金、校內(nèi)伍連德基金以及校內(nèi)科研創(chuàng)新基金等項目的資助。
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KnockTF:a comprehensive human gene expression profile database with knockdown/knockout of transcription factors