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質(zhì)粒的提取和制備實驗方法

時間:2016/7/4閱讀:2468
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溶液配制 

(一)LB培養(yǎng)基 
每1000 mL加分析純NaCl 10 g,蛋白胨10 g,酵母粉5 g,用ddH2O配制,再用10 M NaOH調(diào)pH至7.4(100 mL一般加450 µL),高溫高壓蒸汽滅菌15 min冷卻后使用。 
固體培養(yǎng)基加入瓊脂1.5%。 
10 M(或N)NaOH配制方法是稱200 g NaOH加300 mL,攪拌充分溶解后定容至500 mL。 
(二)溶液Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ 
溶液Ⅰ:葡萄糖50 mmol/L,EDTA 10 mmol/L,Tris-HCl 25 mmol/L,pH至8.0??梢淮闻渲?00 mL,在1.05 kg/cm2高溫高壓蒸汽滅菌15 min,4℃保存。 
溶液Ⅱ:NaOH 0.2 mol/L(從10 N NaOH中現(xiàn)用稀釋),SDS 1%,用現(xiàn)配現(xiàn)用。 
溶液Ⅲ:取5 mol/L乙酸鉀 60 mL,冰乙酸11.5 mL,混合后ddH2O至100 mL。保存于4℃,用時置于冰浴中。 
1 M Tris-HCl(pH 7.5)配制方法:Tris(MW 12.1)12.1 g 加濃HCl(MW 36.5)72 mL,調(diào)節(jié)pH到7.5并定容到1000 mL。1 M Tris-HCl(pH 8.0)配制方法:12.1 g Tris加800 mL ddH2O,用HCl(~42 mL)調(diào)pH到8.0。等溶液在室溫下冷卻,zui后調(diào)節(jié)pH到8.0并定容到1000 mL。高溫高壓蒸汽滅菌。 
(三)酚-氯仿-異戊醇(25:24:1) 
按25:24:1的比例混勻平衡酚、氯仿、異戊醇,保存于棕色玻璃瓶中,上覆一層Tris-Cl水相,4℃保存?zhèn)溆谩7?氯仿-異戊醇混合物在100 mmol/L Tris-Cl(pH 8.0)緩沖液下在不透光的瓶中可保存一個月之久。 
(四)TE(pH 8.0) 
10 mM Tris-HCl(pH 8.0),1 mM EDTA(pH 8.0),加ddH2O至 1000 mL。高溫高壓蒸汽滅菌。或用100×TE母液稀釋。 
(五)STE 
10 mM Tris-HCl(pH 8.0),0.1 M NaOH,1 mM EDTA(pH 8.0),加ddH2O至1000 mL。高溫高壓蒸汽滅菌。 

小提質(zhì)粒(堿裂解法) 

1、從平板上挑取單菌落或搖甘油菌(5~50 µL),接種于3 mL的LB液體培養(yǎng)基中(加于相應(yīng)的抗生素),37℃振蕩培養(yǎng)至OD600大于2.0,無需過夜。 
通常DH菌株搖 12~16 hr;JM101搖7~8 hr;ER2566搖10~12 hr。 
2、取1.5 mL的菌液于1.5 mL的Eppendorf管(可取未滅菌的新管)中,12000 rpm離心30 sec,棄上清。通常取1.5 mL的菌液再離心一次,棄上清后在紙上扣干。不要忘記將用完的試管及管蓋放入處以備回收處理。 
3、加入100 µL溶液Ⅰ振蕩使菌體沉淀充分懸浮,務(wù)必懸浮充分。 
4、加入200 µL溶液Ⅱ,立即輕輕翻轉(zhuǎn)幾下,使菌體裂解。可觀察到原渾濁的菌懸浮液變清變粘。 
5、加入150 µL溶液Ⅲ,立即上下顛倒充分混勻7-10次,不宜太劇烈??捎^察到白色片狀沉淀出現(xiàn)。 
6、置冰浴10 min,也可置于-20℃中5 min。 
7、12000 rpm離心8~10 min。 
8、在離心過程中可取未滅菌的新1.5 mL的Eppendorf管,加入等體積(350~400 µL即可)酚-氯仿-異戊醇(25:24:1)備用,取滅菌的新1.5 mL的Eppendorf管,加入2倍體積(780 µL體積即可)的無水乙醇于-20℃?zhèn)溆?。加?氯仿-異戊醇時要小心,應(yīng)吸位于下層的酚相,而不要帶入上層的Tris-Cl保護液。 
9、離心完將上清迅速倒入已加的酚-氯仿-異戊醇中,充分混勻。小心不要將白色沉淀物倒入酚-氯仿-異戊醇中。
10、12000 rpm離心4~5 min。 
11、吸水相,加入已加好的無水乙醇中,顛倒混勻幾次。小心不要吸入酚相,沒把握時寧可放棄一些水相。 

15、置于恒溫器上干燥(55℃)至無色透明或無乙醇氣味,大至要5~10 min。 
16、加入30~40 µL 1×TE緩沖液溶解沉淀,-20℃儲存?zhèn)溆谩?nbsp;

小量快提質(zhì)粒鑒定 

1、取培養(yǎng)的菌液 1 mL,12000 rpm離心30 sec,收集菌體,在紙上扣干殘留培養(yǎng)液。 
2、用50 µL無菌水充分懸浮菌體。 
3、每管加入50 µL酚-氯仿-異戊醇(25:24:1)并充分混勻。 
4、12000 rpm離心10 min。 
5、小心吸取50 µL上清電泳(對于插入片4足夠大的重組子,其遷移率應(yīng)低于未插入片段的對照質(zhì)粒)。
大提質(zhì)粒 

1、從-20℃保存的甘油菌吸取50 µL菌液,接種到3~4 mL的LB液體培養(yǎng)基中,37℃振蕩培養(yǎng)至OD600大于1.6~1.8。 
2、取0.5 mL的菌液于200 mL LB液體培養(yǎng)基中,37℃振蕩培養(yǎng)至OD600大于2.0以上。再加入氯霉素至170 µg/mL,37℃振蕩培養(yǎng)搖12~16 hr。 
3、用搖好的菌液4000 rpm離心15 min。 
4、棄上清,敞開管口,倒置,盡量讓上清全部流盡。 
5、用預(yù)冷的40 mL STE充分懸浮菌體沉淀。 
6、4℃,4000 rpm離心15 min。 
7、棄上清,敞開管口,倒置,讓上清全部流盡。 
8、用預(yù)冷的4 mL溶液Ⅰ充分懸浮菌體沉淀。 
9、加入新鮮配制的8 mL溶液Ⅱ,上下顛倒數(shù)次,液體變得澄清,置于4℃10 min。 
10、加入預(yù)冷的溶液Ⅲ 6 mL,上下顛倒充分混勻后,于4℃中放置10 min。 
11、4℃,12000 rpm離心10 min。 
12、收集上清,加等體積的異丙醇,4℃中放置30 min。 
13、4℃,10000 rpm離心10 min。 
14、棄上清,用適量的 70%的乙醇洗沉淀一次,室溫吹干,溶于1 mL 1×TE中。 
15、加50 µL RNase A,37℃作用2 hr。 
16、加入1 mL新配制的13% PEG8000溶液(13% PEG8000,1.6 M NaCl),充分混勻,4℃中放置30 min。 
17、 4℃,12000 rpm離心15 min。 
18、吸去上清,用400 µL 1×TE緩沖液溶解沉淀。 
19、加1/4體積4 M LiCl,室溫下放置5 min,12000 rpm離心5 min。 
20、取上清,用酚、酚-氯仿-異戊醇各抽提一次。 
21、將水相轉(zhuǎn)入一新的Eppendorf管中,加入1/10體積4 M LiCl,2倍體積的無水乙醇,-20℃下放置30 min。 
22、 4℃,12000 rpm離心10 min,棄上清,70%乙醇洗沉淀一次,室溫晾干。 
23、加200 µL 1×TE緩沖液溶解沉淀,測定質(zhì)粒DNA的濃度后于-20℃儲存?zhèn)溆?/p>

 

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