免疫共沉淀服務當細胞在非變性條件下被裂解時，完整細胞內存在的許多蛋白質－蛋白質間的相互作用被保留了下來。當用預先固化在argarose beads上的蛋白質A的抗體免疫沉淀A蛋白，那么與A蛋白在體內結合的蛋白質B也能一起沉淀下來。再通過蛋白變性分離，對B蛋白進行檢測，進而證明兩者間的相互作用。
這種方法得到的目的蛋白是在細胞內與興趣蛋白天然結合的，符合體內實際情況，得到的結果可信度高。這種方法常用于測定兩種目標蛋白質是否在體內結合；也可用于確定一種特定蛋白質的新的作用搭檔。優(yōu)點
（1）相互作用的蛋白質都是經(jīng)翻譯后修飾的，處于天然狀態(tài)；
（2）蛋白的相互作用是在自然狀態(tài)下進行的，可以避免人為的影響；
（3）可以分離得到天然狀態(tài)的相互作用蛋白復合物。
缺點
（1）可能檢測不到低親和力和瞬間的蛋白質－蛋白質相互作用；
（2）兩種蛋白質的結合可能不是直接結合，而可能有第三者在中間起橋梁作用；
（3）必須在實驗前預測目的蛋白是什么，以選擇后檢測的抗體，所以，若預測不正確，實驗就得不到結果，方法本身具有冒險性。
（4）靈敏度沒有親和色譜高。
實驗過程
（1）轉染后24-48 h 可收獲細胞，加入適量細胞裂解緩沖液（含蛋白酶抑制劑），冰上裂解30min, 細胞裂解液于4°C， 大轉速離心30 min后取上清；
（2）取少量裂解液以備Western blot分析，剩余裂解液加1μg相應的抗體加入到細胞裂解液，4°C緩慢搖晃孵育過夜；
（3）取10μl protein A 瓊脂糖珠，用適量裂解緩沖液洗3 次，每次3,000 rpm離心3 min；
（4）將預處理過的10μl protein A 瓊脂糖珠加入到和抗體孵育過夜的細胞裂解液中4°C緩慢搖晃孵育2-4h，使抗體與protein A瓊脂糖珠耦聯(lián)；
（5）免疫沉淀反應后，在4°C 以3,000 rpm 速度離心3 min，將瓊脂糖珠離心至管底；將上清小心吸去，瓊脂糖珠用1ml裂解緩沖液洗3－4次；后加入15μl的2×SDS 上樣緩沖液，沸水煮5分鐘；
（6）SDS-PAGE, Western blotting或質譜儀分析。
注意的問題：
（1）細胞裂解采用溫和的裂解條件，不能破壞細胞內存在的所有蛋白質－蛋白質相互作用，多采用非離子變性劑（NP40或Triton X-100)。每種細胞的裂解條件是不一樣的，通過經(jīng)驗確定。不能用高濃度的變性劑（0.2%SDS)，細胞裂解液中要加各種酶抑制劑，如商品化的cocktailer。
（2）使用明確的抗體，可以將幾種抗體共同使用。
（3）使用對照抗體：
單克隆抗體：正常小鼠的IgG或另一類單抗
兔多克隆抗體：正常兔IgG
注意事項免疫共沉淀服務
(1) 確保共沉淀的蛋白是由所加入的抗體沉淀得到的，而并非外源非特異蛋白，單克隆抗體的使用有助于避免污染的發(fā)生；
(2) 要確保抗體的特異性，即在不表達抗原的細胞溶解物中添加抗體后不會引起共沉淀；
(3) 確定蛋白間的相互作用是發(fā)生在細胞中，而不是由于細胞的溶解才發(fā)生的，這需要進行蛋白質的定位來確定。