某些限制性?xún)?nèi)切酶對(duì)同一底物的不同位點(diǎn)切割效率不同，這種現(xiàn)象被稱(chēng)為內(nèi)切酶的位點(diǎn)優(yōu)勢(shì)效應(yīng)。1975年，Thomas 和 Davis（1）發(fā)現(xiàn) EcoRI 并不是隨機(jī)切割 λDNA 分子上的 5 個(gè)識(shí)別位點(diǎn)，其中對(duì)λDNA 右側(cè)位點(diǎn)的切割速率比中間位點(diǎn)快 10 倍。Forsblum 等（2）發(fā)現(xiàn) EcoRI 對(duì)腺病毒-2 不同位點(diǎn)的切割速率不同。Nath 和 Azzolina（3）則發(fā)現(xiàn) EcoRI 和 HindIII 對(duì) λDNA 不同位點(diǎn)的切割速率有 10 倍和 14 倍的差別。Brown 和 Smith 則發(fā)現(xiàn) HgaI 對(duì) φX174 DNA 某些位點(diǎn)的切割效率明顯要高于其它位點(diǎn)（4）。Gingeras 和 Brooks（5）報(bào)道，腺病毒-2 上的 CTCGAG 序列很難被 PaeR7I 切割，卻很容易被PaeR7I 的同裂酶 XhoI 切割，這是一個(gè)相鄰序列影響切割效率的典型例子，CTCGAG 5' 末端的 CT 序列降低了切割效率。以上實(shí)例中，甲基化不是影響切割速率的因素。

某些酶只能切割有兩個(gè)識(shí)別序列的底物 DNA 分子。例如，BspMI（6）、SfiI（7）和 NgoMIV（8）為同源四聚體蛋白，它們結(jié)合 2 個(gè)識(shí)別序列，并同時(shí)切開(kāi) 4 個(gè)磷酸二酯鍵。這些酶的底物 DNA 分子上必須有兩個(gè)識(shí)別位點(diǎn)，當(dāng)只有一個(gè)識(shí)別序列時(shí)，切割就變得相當(dāng)困難。這種現(xiàn)象雖不是很普遍，但在 IIs 型內(nèi)切酶中還是相當(dāng)常見(jiàn)的。這些酶通常情況下為單體，但切割兩條鏈時(shí)會(huì)很快結(jié)合形成二聚體（9-11）。這些酶包括 FokI、BsgI、BpmI 和 MboII（10）。另外一些酶，如EcoRII 和 NaeI 所需的兩個(gè)識(shí)別位點(diǎn)中，一個(gè)位點(diǎn)作為目標(biāo)被切割，另一位點(diǎn)作為變構(gòu)因子協(xié)助切割（12-15）。對(duì)這些酶而言，第二個(gè)協(xié)助切割的位點(diǎn)可以在底物 DNA 上，也可以以寡核苷酸的形式存在（12,13）。HpaII、NarI和 SacII 在某些底物的一些位點(diǎn)切割效率很低，或是干脆無(wú)法切開(kāi)，其作用機(jī)制尚不明了（14）。

限制性?xún)?nèi)切酶的一些特性可引起位點(diǎn)優(yōu)勢(shì)效應(yīng)。例如，只有一個(gè)識(shí)別位點(diǎn)的質(zhì)粒很難被 NaeI、NarI和 BspMI 切開(kāi)。

pBR322有四個(gè) NarI 識(shí)別位點(diǎn)，在標(biāo)準(zhǔn)條件下，1 單位的 NarI 在 1 小時(shí)內(nèi)可*切開(kāi)其中的兩個(gè)位點(diǎn)，而即使加入 50單位的 NarI 過(guò)夜消化 16 小時(shí)也不能將另外的兩個(gè)位點(diǎn)*切開(kāi)。同樣地，pBR322 的四個(gè) NaeI 識(shí)別位點(diǎn)中，有兩個(gè)很容易被切開(kāi)，第三個(gè)被切開(kāi)的速率較慢，而剩下的一個(gè)zui難，切割速率僅為前者的 1/50。NarI 和 NaeI 在 λDNA 上各有一個(gè)識(shí)別位點(diǎn)，但即使加大酶的用量，它們也只能部分切開(kāi) λDNA。SacII 在 λDNA 上有 4 個(gè)識(shí)別位點(diǎn)，其中 3 個(gè)位于序列中間，這些位點(diǎn)的切割速率是剩下的那個(gè)靠近右末端位點(diǎn)（第 40,386 堿基）的 50 倍。

參考文獻(xiàn)：

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