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Nature子刊:游戲玩出科學(xué)范兒,破解十年科學(xué)難題

時間:2011-9-22閱讀:518
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一項困擾了科學(xué)家10年的AID研究難題近期宣告成功解決。研究人員確定了一個與艾滋病病毒繁殖相關(guān)的關(guān)鍵蛋白酶的晶體結(jié)構(gòu)。據(jù)稱這次研究的突破首先要歸功于一批業(yè)余的網(wǎng)絡(luò)游戲玩家。

在9月18日的《自然結(jié)構(gòu)和分子生物學(xué)》(Nature Structural & Molecular Biology)雜志上,來自美國華盛頓大學(xué)的研究人員以“Crystal structure of a monomeric retroviral protease solved by protein folding game players”( 蛋白質(zhì)折疊游戲玩家揭示一種單分子逆轉(zhuǎn)錄病毒蛋白酶的晶體結(jié)構(gòu))發(fā)表了這一研究成果,并將科學(xué)家和游戲玩家署名為文章共同作者。

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這類酶叫做逆轉(zhuǎn)錄病毒蛋白酶M-PMV,在艾滋病病毒成熟和自我復(fù)制過程中起重要作用。逆轉(zhuǎn)錄病毒是一種核糖核酸病毒。在宿主細胞中,它們通過逆轉(zhuǎn)錄酶,利用自身RNA基因組制造DNA;然后,病毒的基因通過整合酶(integrase)的作用同宿主DNA整合。自此,病毒就被當(dāng)做宿主基因的一部分自我復(fù)制。長期以來研究人員希望能夠研制出新型抗艾滋病藥物,阻斷逆轉(zhuǎn)錄蛋白酶的作用。然而科學(xué)家并不能確定逆轉(zhuǎn)錄病毒蛋白酶確切的分子結(jié)構(gòu),因此相應(yīng)的努力也障礙重重。

在付出多次嘗試失敗后,華盛頓大學(xué)的研究人員轉(zhuǎn)而將希望放在了一款名為Foldit的游戲上,這是由華盛頓大學(xué)的計算機科學(xué)與工程學(xué)系和生物化學(xué)學(xué)系的研究人員于2008年聯(lián)合開發(fā)的一款具有濃厚科學(xué)色彩的網(wǎng)絡(luò)游戲。游戲玩家要做的是,在給定一個目標(biāo)蛋白質(zhì)后,在遵守科學(xué)規(guī)律的前提下,用氨基酸如搭積木一樣把目標(biāo)蛋白質(zhì)“搭建”出來,從而得出實際的蛋白質(zhì)模型。

Foldit游戲玩家并不需要擁有生物科學(xué)訓(xùn)練背景。只需擁有良好的空間推理能力,遵守預(yù)先設(shè)定的規(guī)則,熟練地操縱該游戲即有可能成為Foldit高手。Foldit玩家每次成功破解游戲都可獲得積分,提升自己在游戲世界的度。此外玩家還可以創(chuàng)立加入小組,分享各自的方案,共同探討解析游戲中的難題。頗感意外的是,在數(shù)千游戲玩家的參與下,只用了三個星期研究人員就得到了非常的逆轉(zhuǎn)錄病毒蛋白酶3D結(jié)構(gòu)模型。

“我們想看看在計算機方法失敗的情況下利用人的直覺是否能夠獲得成果,”華盛頓大學(xué)生物化學(xué)系的Firas Khatib博士表示:"玩家們的創(chuàng)造力和想象力著實令我們吃驚,只要加以正確的指導(dǎo),相信他們能在更廣闊的科研領(lǐng)域有所作為。"

“人們都有空間推理能力,而這是計算機所不擅長的,游戲為計算機和人類能力相結(jié)合提供了一個平臺。”華盛頓大學(xué)計算機科學(xué)家Seth Cooper說,他同時也是Foldit的開發(fā)帶頭人,“結(jié)果表明游戲這種形式與自然科學(xué)、電子計算機的運用相結(jié)合,或許能夠為那些過去難以想象的復(fù)雜問題提供新的解決辦法。”

研究人員表示這一研究成果不僅標(biāo)志著人類有望在艾滋病毒(HIV)和艾滋病(AIDS)研究領(lǐng)域獲得重大突破。還有可能推動人類了解癌癥和帕金森癥等多種疾病的病因病理,進而研制出有針對性的治療藥物。

來源:生物通

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