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一種構(gòu)建重組質(zhì)粒的簡(jiǎn)便方法

閱讀:1838發(fā)布時(shí)間:2010-5-17

克隆的道路有很多條,比如TA克隆、不依賴連接反應(yīng)的克?。↙IC)、重組酶依賴的克隆等等。TA克隆和LIC都需要末端修飾,而這種修飾不容易被凝膠電泳等技術(shù)檢測(cè)。重組酶通常又是和克隆試劑盒捆綁銷售的,因此研究人員也很難優(yōu)化重組反應(yīng)。于是,美國(guó)艾默里大學(xué)生物化學(xué)系的Anton V. Bryksin和Ichiro Matsumura開(kāi)發(fā)出一種PCR介導(dǎo)的克隆方法-重疊延伸PCR克?。∣verlap extension PCR cloning),相當(dāng)簡(jiǎn)單且可靠。

克隆過(guò)程如下:一開(kāi)始用嵌合體引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增,產(chǎn)生了線性的插入片段,且片段兩端都有載體序列。然后將載體和插入片段混合,變性并退火,隨后將載體作為模板,用Phusion DNA聚合酶延伸雜交后的插入片段,直到聚合酶到達(dá)插入片段的5’端。在幾輪PCR循環(huán)后,反應(yīng)的終產(chǎn)物是帶有兩個(gè)缺口(每條鏈一個(gè))的雙鏈融合質(zhì)粒。利用DpnI限制性內(nèi)切酶消化,除去母板質(zhì)粒,新質(zhì)粒則轉(zhuǎn)化到大腸桿菌中,DNA修復(fù)酶將缺口封住。

 

研究人員在反應(yīng)中使用的是NEB公司的Phusion DNA聚合酶,他們認(rèn)為這很關(guān)鍵,因?yàn)榇嗣副U娑雀撸也粨碛墟溨脫Q活性。研究人員還比較了五種不同的DNA聚合酶,認(rèn)為這個(gè)。反應(yīng)中只需要DNA聚合酶,而不再需要操作多個(gè)限制性內(nèi)切酶、重組酶、連接酶和糖基化酶等。

在原理驗(yàn)證的實(shí)驗(yàn)中,研究人員首先克隆了gfp。他們認(rèn)為,高濃度的插入片段和相對(duì)低的退火溫度(比計(jì)算出的退火溫度低5-10°C)對(duì)于的重疊延伸是很重要的。轉(zhuǎn)化后的重組子有98%以上呈綠色,說(shuō)明克隆錯(cuò)誤和原始載體的殘留極低。

研究人員還比較了PCR循環(huán)數(shù)對(duì)克隆效率的影響。他們發(fā)現(xiàn):在zui初15個(gè)循環(huán),重組克隆數(shù)量不斷增加,在17-18個(gè)循環(huán)達(dá)到高峰。之后的循環(huán)導(dǎo)致克隆數(shù)量略微下降。隨后,他們還比較了三種不同的載體:插入片段比例(1:5、1:50和1:250)。他們發(fā)現(xiàn),1:250的比例產(chǎn)生了zui多的重組克隆。


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