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上海酶聯(lián)生物研究所
上海酶聯(lián)生物研究所
閱讀：269發(fā)布時間：2012-9-10
現(xiàn)今基因組學(xué)研究中不少青年學(xué)者都是來自計算生物學(xué)領(lǐng)域，來自IBM的Gustavo Stolovitzky就是其中翹楚之一，一期Nature Methods就以其為對象，進行了人物特寫報道。這位學(xué)者在基因組數(shù)據(jù)處理，尋找調(diào)控細胞行為環(huán)路方面進行著精細的搜尋，其運算方法有助于找到一個基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)中的各個元件。
Stolovitzky不知道系統(tǒng)生物學(xué)是否能通過CASP大會來完善，這是一個主要目標為對當前在蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測領(lǐng)域的“能為”和“不能為”作一深入且客觀評價的評估大會，這個會議一年兩屆，參與者們對一組即將公開的結(jié)構(gòu)進行盡可能多的預(yù)測，這是真正的“pre-dictions”，而非對已知結(jié)構(gòu)的“post-dictions”。在會議上，Stolovitzky與其他科學(xué)家們建立了一個項目： Dialogue on Reverse Engineering Assessment and Methods（DREAM），這個挑戰(zhàn)于2007年設(shè)置。
在2008的 DREAM2結(jié)果匯總時，Stolovitzky開始思索如果將這些通過多個調(diào)控網(wǎng)絡(luò)參考方法得到的預(yù)測集合在一起，會怎么樣，他認為，zui有可能，“非*預(yù)測會降低*預(yù)測等級”，但是將這個想法進行初步嘗試后，Stolovitzky發(fā)現(xiàn)這種集合方法實際上能獲得的獨立預(yù)測，“這就像是一加一大于二”。
由此經(jīng)過幾年的積累，今年Stolovitzky與他的同事發(fā)表了題為“Wisdom of crowds for robust gene network inference”的文章，提出集體智慧促進基因網(wǎng)絡(luò)的發(fā)展。Stolovitzky說，單獨進行評估的上海，不同方法的優(yōu)點和缺點就能匯集起來，促進數(shù)據(jù)的解析。
Gustavo Stolovitzky曾單純依靠公共數(shù)據(jù)庫當中的資源開發(fā)了一套算法，使用這種軟件就能自動識別出與肺癌、慢性阻塞性肺?。╟hronic obstructive pulmonary disease, COPD）和銀屑?。╬soriasis）等多種疾病相關(guān)的基因信號。這套軟件不僅能夠分辨COPD和肺癌，而且還能夠區(qū)分鱗狀細胞癌（squamous-cell carcinoma）和腺癌（adenocarcinoma）。據(jù)Stolovitzky介紹，在現(xiàn)有的數(shù)據(jù)庫中還有大量的數(shù)據(jù)可供我們這套軟件進行分析，看看它還能不能預(yù)測（識別）出其它的疾病。
參加者越多，結(jié)果會更好，他說，“更多不同的想法，如果各自對一半，那么就能促進預(yù)測。”
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