*產(chǎn)前檢測（NIPT）已經(jīng)是產(chǎn)前診斷中一個熱門的關(guān)鍵詞。它利用孕婦血液來篩查胎兒的染色體非整倍體，如21、18和13三體，避免了侵入性檢測的風險。如今，一些供應(yīng)商試圖擴展他們的產(chǎn)品，以覆蓋染色體的微缺失和微擴增。
不過，英國倫敦大學(xué)學(xué)院的研究人員近日在《美國人類遺傳學(xué)期刊》上報道稱，NIPT在檢測染色體亞微結(jié)構(gòu)異常上的臨床作用有限。他們開發(fā)出的檢測程序無法可靠地檢測微缺失和微擴增。盡管增加測序深度能改善檢測，但同時也會增加假陽性率。
“為了做到切實有效，NIPT必須能夠以極低的假陽性率檢測整個基因組中的染色體重排，”文章作者寫道。“由于標準的NIPT只能檢測多數(shù)比較大的染色體重排，并且需要胎兒比值的了解，因此我們認為，它還沒有做好常規(guī)臨床應(yīng)用的準備。”
在這項研究中，倫敦大學(xué)學(xué)院的Lyn Chitty及其同事利用12重測序來檢測無細胞DNA中的染色體重排。所有樣本都包含已知的不平衡染色體重排。對于18個帶有> 6 Mb CNV的樣本，他們在15個樣本中檢測到至少一個異常，敏感性達到83%。不過，研究人員只能從5個樣本中檢測到< 6 Mb的CNV。對于另外10個帶有小CNV的樣本，只有兩個能被正確鑒定，敏感性僅為20%。
研究人員還利用這個程序，檢測了一組共534個已知沒有染色體異常的樣本。在過濾后，他們在2個樣本中發(fā)現(xiàn)了假陽性檢出，特異性為99.6%。
他們發(fā)現(xiàn)，更深度的測序提高了檢測的敏感性，使得> 6 Mb的CNV檢測敏感性達到94%，而< 1.5 Mb CNV的敏感性也達到93%。不過，更深度測序也未能發(fā)現(xiàn)之前鑒定出的CNV。研究人員指出，這種差異可能是由于游離DNA中的胎兒比值。
Chitty及其同事估計了不同胎兒比值下，他們檢測不同大小的CNV的能力。盡管他們指出，這個計算結(jié)果僅適用于他們的實驗室，但如果胎兒比值降低至5%以下，提高測序的深度并不能明顯提高檢測的敏感性。同時，提高測序深度的成本很高，也會增加假陽性率。
“考慮到使用NIPT來篩查非整倍體的好處是減少了侵入性檢測，增加了安全性，將NIPT延伸到染色體亞微結(jié)構(gòu)逆轉(zhuǎn)了這一好處，同時也不能全面檢測致病性的重排，”作者在文中寫道。
