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抗體革命缺乏系統(tǒng)的方法

時間:2016/3/28閱讀:1089
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    一只小鼠提醒了Clifford Saper這樣一個事實:抗體正在誤導科學界。在994年到20年間,Clifford Saper擔任《比較神經學》(Comparative Neurology)雜志的主編。在此期間,他看到了一大堆依靠抗體來標記神經遞質及其受體位置的論文。2000年前后,基因敲除小鼠在生物領域大受歡迎,但結果令人不安。

   按道理說,基因敲除動物的染色結果應該和對照組小鼠的染色結果存在很大差別。但很多時候結果相同。據(jù)如今是波士頓貝絲·以色列·迪肯尼斯醫(yī)療中心(Beth Israel Deaconess Medical Center,BIDMC)神經部門主席的Saper回憶,他們發(fā)現(xiàn)越來越多的論文因此被撤稿。同時Saper也意識到,他們缺乏系統(tǒng)的方法來評估這些使用抗體的論文。

于是單個雜志革命開始了。Saper和編輯部的同事們提出了一條規(guī)則,要求作者提供論文中使用的抗體的廣泛驗證數(shù)據(jù)。據(jù)Saper回憶,這條政策對文章的嚴謹性有很大好處,但對于論文的投稿不利。“很多作者會覺得麻煩,會選擇投稿到其它雜志。”但Saper堅持這一原則。他的努力zui終形成了JCN抗體數(shù)據(jù)庫,一個包含幾千個可信賴的神經解剖學抗體的清單。

如今,醫(yī)學研究者仍然不斷遭遇抗體悲劇。zui常見的悲劇是騙人的抗體:購買的用于檢測蛋白X的抗體優(yōu)先與蛋白Y結合(甚至可能*不與X結合)。另一個悲劇是可重復性差:用新抗體重復以前的實驗,發(fā)現(xiàn)結果無法重復。一個好項目因此擱淺(見文末:處于困境的抗體市場)。

但技術的進步和科學界的需求變化將會終結這個抗體泥潭。

抗體是生命科學領域zui常用的工具之一。zui普遍的用法是在 Western blot中揭示細胞或組織樣本中特定蛋白質的表達量的多少。此外,它們也被用于免疫組化和免疫熒光染色,以便于在顯微鏡下可視化地觀察蛋白,以及其它各類基于抗體會與特定生物分子結合的實驗。據(jù)網上生物試劑商城Biocompare 205年發(fā)表的一份報告估計,科研用抗體市場規(guī)模達到25億美金,并且仍在增長??贵w的選擇也讓人眼花繚亂——有數(shù)以百計的抗體供應商。

在這一巨大市場的背景下,抗體的不可靠性問題非常讓人警醒。特異性不足、敏感度和批次差異性等導致了錯誤的科現(xiàn)和大量的科研精力浪費??贵w的不可靠性造成了癌癥、代謝、老化、免疫學和細胞信號轉導以及任何研究復雜的生物分子的領域的巨大損失。因抗體而造成的、在時間和資源方面的浪費非常巨大。據(jù)估計,每年因購買質量差的抗體導致的損失達到8億美金,更不要說所造成的無數(shù)的錯誤結論、不可解釋的(或曲解)實驗,以及浪費了的病人樣本和增加了的徒勞的研究時間。

瑞典*理工學院(Royal Institute of Technology)的研究員Mathias Uhlén表示,因抗體而造成的挫敗已經太多了,是時候做出改進了。“學界對解決這個問題懷有很大興趣。”

勢在必行

對抗體的不滿意激勵了各領域人士采取行動。今年9月,Uhlén主持了由人類蛋白質組組織(Human Proteome Organization,總部在溫哥華,一個財團支持的、研究蛋白質的大型項目)舉辦的抗體驗證工作組成立大會。同月,美國實驗生物學學會聯(lián)合會( Federation of American Societies for Experimental Biology)主辦的圓桌會議也探討了抗體問題,預計明年年初發(fā)布抗體選擇建議。美國國立衛(wèi)生研究院(National Institutes of Health, NIH)也參與了這次會議。從明年月起,基金分配必須包含驗證實驗所需的抗體和其它關鍵資源質量的項目。長遠的解決方案很可能在明年9月在由生物標準研究所(Global Biological Standards Institute)主辦的會議上敲定。會議將在加利福尼亞州阿西羅馬舉行。40年前的這個會議上,科學家們謹慎敲定了利用基因重組技術操控DNA的細則。

美國國立綜合醫(yī)學科學研究所(National Institute of General Medical Sciences)主任Jon Lorsch指出,他們希望,學界能提出一致同意的解決方案。如此這樣,基金申請人和基金評委在描述如何認證材料時,都將有據(jù)可依。

其中一種解決方案就是使用明確了抗體重要標準的菜單。Uhlén提到,他們關注的,不是抗體的好與壞,而是在特定實驗、特定上下文中抗體的效果。 評價體系可能包括利用基因敲減和敲除,來驗證在目標蛋白缺乏的情況下,抗體是否仍會發(fā)生結合。另一種方法是把靶蛋白帶上熒光標簽,驗證抗體是否會與未標記的蛋白發(fā)生結合。還可以把新抗體和質量好的抗體進行比較。zui后,研究者可以通過質譜儀來檢測分析抗體能與哪些分子結合。

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