美國一項從遺傳學角度描述1萬個腫瘤的龐大計劃日前正式落下帷幕。作為在2006年開始的一個斥資1億美元的試點項目，癌癥基因組圖譜（TCGA）如今是癌癥基因組聯(lián)盟中zui大的組成部分，該聯(lián)盟由來自16個國家的科學家組成，已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了近1000萬個與癌癥相關的基因突變。
現(xiàn)在的問題是下一步該怎么做。一些研究人員希望能夠繼續(xù)專注于測序；其他人則希望擴充他們的工作，從而探索已經(jīng)被查明的基因突變?nèi)绾螌Π┌Y的形成與發(fā)展產(chǎn)生影響。
紐約州冷泉港實驗室主任Bruce Stillman表示：“TCGA的完成宣告著一次勝利。”他說：“對于一種特定癌癥而言，總是會有新的與之有關的突變被發(fā)現(xiàn)。問題是：成本效益比率是多少？”
Stillman是這個項目的早期*，盡管一些研究人員擔心該項目會導致資助個人研究的資金流失。這項zui初計劃為3年的項目zui終擴展至一個為期5年多的項目。
2009年，TCGA額外收到了來自國立衛(wèi)生研究院（NIH）的1億美元，以及來自試圖在經(jīng)濟衰退中刺激美國經(jīng)濟發(fā)展的激勵基金的1.75億美元。
這一項目zui初并不順利。當時的測序技術只能針對被迅速冷凍的新鮮組織。然而大多數(shù)臨床活組織檢查被固定在石蠟中并且被病理學家所染色。馬里蘭州貝塞斯達市國家癌癥研究所（NCI）癌癥基因組辦公室主任Louis Staudt指出，找到并支付新鮮組織樣本的費用成為項目zui大的開支。
還有一個問題便是數(shù)據(jù)的復雜性。盡管一些突變可能對癌癥的發(fā)展作出貢獻，但伴隨著腫瘤之間較少的共性，大多數(shù)突變形成了令人眼花繚亂的遺傳異常大雜燴。針對特定突變的藥物測試往往很快就會出現(xiàn)另一個問題：癌癥通常會迅速產(chǎn)生抗藥性，這一般是利用激活不同的基因從而繞開被治療阻斷的細胞進程實現(xiàn)的。
馬里蘭州巴爾的摩市約翰斯·霍普金斯大學癌癥遺傳學家Bert Vogelstein指出，盡管存在這些困難，但幾乎癌癥研究的方方面面都受益于TCGA。
研究人員利用相關數(shù)據(jù)已經(jīng)提出了對腫瘤進行分類的新方法，并發(fā)現(xiàn)了以前未被認識的藥物靶點和致癌物質(zhì)。但一些研究人員認為測序結(jié)果仍然能夠提供更多的信息。去年1月，一項對21種癌癥的基因突變數(shù)據(jù)進行的統(tǒng)計學分析顯示，研究人員從測序結(jié)果中仍然有可能發(fā)現(xiàn)在臨床上有用的突變。
去年12月2日，Staudt宣布，一旦TCGA完成，NCI將集中精力對3種癌癥——卵巢癌、結(jié)直腸癌和肺癌——展開測序工作。該機構(gòu)隨后將評估這項額外工作的成果，從而決定是否要將更多的癌癥加入到測序大軍中。
但是這一次，相關研究將能夠把病人的健康狀況、治療歷史和對治療的反應等詳細的臨床信息整合在一起。這是因為研究人員如今已經(jīng)能夠使用由石蠟包埋的樣本，他們可以從過去的臨床試驗中挖掘數(shù)據(jù)，同時研究基因突變?nèi)绾斡绊懖∪说念A后以及對治療的反應。
Staudt表示，NCI將發(fā)起一項倡議，呼吁在臨床試驗中利用由TCGA建立的方法及分析途徑采集測序樣本。