蛋白序列分析軟件包ANTHEPROT 4.3是位于法國的蛋白質(zhì)生物與化學(xué)研究院（Institute of Biology and Chemistry of Proteins）用十多年時(shí)間開發(fā)出的蛋白質(zhì)研究軟件包。軟件包包括了蛋白質(zhì)研究領(lǐng)域所包括的大多數(shù)內(nèi)容，功能非常強(qiáng)大。應(yīng)用此軟件包，使用個(gè)人電腦， 便能進(jìn)行各種蛋白序列分析與特性預(yù)測。感謝軟件的編寫者，他們將此軟件包免費(fèi)提供給此領(lǐng)域的同行使用，這對于我國的科學(xué)技術(shù)人員來說，實(shí)在是一件好事。因 為一個(gè)功能再多再好的專業(yè)應(yīng)用軟件，如果作為商業(yè)軟件進(jìn)行銷售的話，往往使大多數(shù)需要使用此軟件的科技人員因?yàn)榭蒲薪?jīng)費(fèi)的問題，無緣使用，這點(diǎn)在我國尤為 突出。
軟件分為三個(gè)版本，分別用于Unix系統(tǒng)，DOS系統(tǒng)與WINDOWS95或98系統(tǒng)，讓我以用于WINDOWS系統(tǒng)的版本為例，介紹一下這個(gè)軟件的基本用法。
軟件包為一個(gè)自解壓執(zhí)行文件，文件名Anthe4_3c.exe，大小為1.9兆。執(zhí)行此文件，輸入解壓后存放的目錄名，便可將所有文件解壓在此目錄下。主程序名為Anthewin，在桌面上建立它的快捷圖標(biāo)，雙擊快捷圖標(biāo)便打開了ANTHEPROT 4.3主窗口。
通過主程序，我們可以載入蛋白序列，對序列進(jìn)行編輯、打印、拷貝、改變設(shè)定等操作，更重要的是，我們可以在此調(diào)用各種所需的分析工具，對蛋白序列進(jìn)行分析。
一． 序列編輯功能
    ANTHEPROT 4.3的主窗口便是其序列編輯窗口：
    可以使用按鍵或菜單中的File/Open命令打開各種序列文件，程序識(shí)別的文件類型包括：
單序列文件格式：*.SEQ，（ANTHEPROT 3.3支持以下格式的單序列文件：DNA/Strider 格式、EMBL格式、NBRF格式、Pearson/Fasta格式、PIR 格式與IG/Stanford格式);
    含有多個(gè)蛋白序列的蛋白數(shù)據(jù)庫文件：*.BAS，(以Pearson/Fasta格式添加序列，上限為30條序列或32K文件大小);
    ClustalV 或ClustalW 文件：*.ALN 含有ClustalW格式的多隊(duì)列；
含有多隊(duì)列的Multalin 4.1格式文件：*.MUL；
在Prosite 蛋白數(shù)據(jù)庫中查尋出Site結(jié)果的文件：*.SIT，
蛋白質(zhì)原子空間結(jié)構(gòu)的PDB格式文件：*.PDB；
使用IBCP（服務(wù)器預(yù)測蛋白二級結(jié)構(gòu)所獲得的結(jié)果文件格式：*.CNS；

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