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江蘇晶美生物科技有限公司

海洋被子植物基因組草圖

時(shí)間:2016-2-26閱讀:67
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為了減緩大氣中的碳排放,研究人員轉(zhuǎn)向了碳匯——積累和儲(chǔ)存碳的儲(chǔ)藏所,如熱帶雨林,也包括各種各樣的陸生植物和海洋。然而,另一個(gè)鮮為人知、但卻非常大的碳匯位于地球的軟沙海岸線。

沿海的海草生態(tài)系統(tǒng)覆蓋了大約200000平方公里。它們約占碳固定的百分之15,而且還影響硫和氮循環(huán)。此外,它們作為幼魚(yú)和其他生物的溫床,保護(hù)海岸線免受侵蝕,并有助于保持水體的清澈。

*種海洋被子植物基因組

2016年的一項(xiàng)研究中,一個(gè)歐洲團(tuán)隊(duì)的研究人員,測(cè)定了一種海草(大葉藻,Zostera marina)的基因組序列,樣本取自芬蘭群島海域。盡管稱為海草,但大葉藻并不是真的草類,而是*淹沒(méi)在海洋里的開(kāi)花植物(或被子植物),一個(gè)古老單子葉植物家族的成員。為了更好地適應(yīng)環(huán)境,植物返回到咸水環(huán)境中,該研究小組將大葉藻的基因組與淡水近緣植物大浮萍進(jìn)行了對(duì)比。浮萍的基因組測(cè)序和分析是由DOE JGI完成的。

在北半球被發(fā)現(xiàn),大葉藻是*種被*測(cè)序的海洋開(kāi)花植物,這項(xiàng)工作是通過(guò)DOE JGI的科學(xué)項(xiàng)目完成的。作為沿海海洋生態(tài)系統(tǒng)中的基礎(chǔ)性物種,研究人員非常想了解這一植物——引申開(kāi)來(lái)在生態(tài)系統(tǒng)中的其他植物,是如何適應(yīng)氣候變化的。

在適應(yīng)水下生活的過(guò)程中,大葉藻獲得了一些基因,可允許它生活在咸水中,但卻失去了一些與陸地植物性狀相關(guān)的基因。該小組很想確定“在大葉藻返回大海后經(jīng)歷重大修改的途徑”。

  一個(gè)陸地(甚至淡水)物種可能經(jīng)受的zui的適應(yīng)。她解釋說(shuō),大葉藻已修改了其細(xì)胞壁——這是更*的海藻樣特征。并修改了與光傳感、植物防御信號(hào)、傳粉系統(tǒng)和內(nèi)部水平衡調(diào)節(jié)相關(guān)的基因。大葉藻失去了紫外線保護(hù)和各種揮發(fā)物(包括萜類,有很多應(yīng)用的烴類,可作為*燃料的另一替代源)生產(chǎn)相關(guān)的基因。

淡水和咸水植物基因組的比較

該研究小組比較了大葉藻和浮萍的基因組,浮萍是zui簡(jiǎn)單的一種開(kāi)花植物,是已經(jīng)測(cè)序的、與Zostera marina親緣關(guān)系z(mì)ui近的植物。他們注意到,由于對(duì)淡水或陸地條件的適應(yīng),細(xì)胞壁結(jié)構(gòu)相關(guān)的基因有所差異。例如,浮萍之類的植物似乎失去了幫助植物將水保存在細(xì)胞壁中的基因,而大葉藻則重新獲得了這些基因,以更好地應(yīng)對(duì)退潮時(shí)的滲透脅迫。

專家這樣描述影響大葉藻的變化:它們已經(jīng)重新改造了自己。雖然多年來(lái),這已知是生化變化,但是,產(chǎn)生這些硫酸多糖用于細(xì)胞壁基質(zhì)的根本途徑,與低甲基化果膠(大葉藻素)的擴(kuò)張相結(jié)合,已被科學(xué)家們闡明,并且它們帶有強(qiáng)大負(fù)電荷的本質(zhì),被認(rèn)為有助于保護(hù)細(xì)胞免于滲透脅迫。作物育種家可能會(huì)受益于‘這些植物如何進(jìn)化出了耐鹽性’的見(jiàn)解。

隨著大葉藻草甸從阿拉斯加延伸至加利福尼亞,從白海到葡萄牙南部,Olsen指出,這些生態(tài)系統(tǒng)給研究人員提供了“一個(gè)天然實(shí)驗(yàn)”,來(lái)研究植物對(duì)溫暖或寒冷水域、以及耐鹽、海洋酸化和光的快速適應(yīng)。

了解關(guān)于生態(tài)-進(jìn)化相互作用的更多信息,也與基因組學(xué)為基礎(chǔ)的早期預(yù)警指標(biāo)的發(fā)展有關(guān),可能預(yù)示著海草生態(tài)系統(tǒng)崩潰。雖然大葉藻是沿海海洋生態(tài)系統(tǒng)功能中的關(guān)鍵角色,并被認(rèn)為是“海洋的肺”,它們也瀕臨著滅絕。據(jù)估計(jì),*有近三分之一的大葉藻草甸被徑流破壞進(jìn)入海洋,從而降低了它們作為碳匯的潛在能力。因此,研究大葉藻的適應(yīng)能力,是協(xié)助保護(hù)工作刻不容緩的事情。

在過(guò)去的2015年里,有多種植物的基因組序列得以測(cè)序。

青稞

*青稞基因組圖譜由我國(guó)科學(xué)家正式繪制成功,研究成果揭示了青稞的高原適應(yīng)性機(jī)制,解讀其起源、馴化及栽培選育過(guò)程。

鐵皮石斛

研究人員稱,他們繪制出了鐵皮石斛的*張基因組草圖,闡明了重要的中國(guó)傳統(tǒng)蘭花草的生物學(xué)。

菠蘿

通過(guò)對(duì)菠蘿基因組進(jìn)行測(cè)序,福建農(nóng)林科技大學(xué)等處的科學(xué)家們,正在研究“使多汁的菠蘿植物能夠生長(zhǎng)在缺水環(huán)境”的基因和遺傳途徑。這一新的研究結(jié)果,對(duì)禾草植物的復(fù)雜進(jìn)化歷史,打開(kāi)了一個(gè)新窗口,如高粱和水稻,它們與菠蘿共有一個(gè)遙遠(yuǎn)的祖先。

棗椰樹(shù)

研究人員確定了棗椰樹(shù)基因組中遺傳變化的圖譜。他們還確定了中東棗椰樹(shù)和北非地區(qū)棗椰樹(shù)之間的遺傳差異,這個(gè)重要的發(fā)現(xiàn)闡明了*以來(lái)的棗椰樹(shù)進(jìn)化問(wèn)題。

紅花苜蓿

研究人員進(jìn)行了紅花苜蓿DNA的測(cè)序和組裝,可幫助育種者改善這種重要飼料作物的有益性狀。

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