培養(yǎng)基的分類從三個方面分類，化學(xué)分類、物理分類、微生物分類。
一、化學(xué)分類
1.天然培養(yǎng)基
指用化學(xué)成分不明確的天然物質(zhì)做成的培養(yǎng)基。
2. 組合培養(yǎng)基
又稱為合成培養(yǎng)基或綜合培養(yǎng)基，是一類按微生物的營養(yǎng)要求設(shè)計后用多種高純化學(xué)試劑配制成的培養(yǎng)基。
3. 半組合培養(yǎng)基
指一類主要以化學(xué)試劑配制，同時還加有某種或某些天然成分的培養(yǎng)基。
二、物理分類
1.液體培養(yǎng)基
80%～90%是水，其中配有可溶性的或不溶性的營養(yǎng)成分的培養(yǎng)基。
2.固體培養(yǎng)基
一類配制成的固體狀態(tài)的基質(zhì)。根據(jù)性質(zhì)又分為固化培養(yǎng)基、非可逆性固化培養(yǎng)基、天然固態(tài)培養(yǎng)基、濾膜。
3.半固體培養(yǎng)基
指在液體培養(yǎng)基中加入少量的凝固劑而配制成的半固體狀態(tài)的培養(yǎng)基。
4.脫水培養(yǎng)基
又稱預(yù)制干燥培養(yǎng)基，指含有除水分外的一切成分的商品培養(yǎng)基。
三、微生物分類
1. 選擇性培養(yǎng)基
一類根據(jù)某微生物的特殊營養(yǎng)要求或其對某化學(xué)、物理因素的抗性而設(shè)計的培養(yǎng)基，具有使混合菌樣中的劣勢菌變成優(yōu)勢菌的功能，廣泛用于菌種篩選等領(lǐng)域。
2.鑒別培養(yǎng)基
一類在成分中加有能與目的菌的無色代謝產(chǎn)物發(fā)生顯色反應(yīng)的指示劑，從而達到只須用肉眼辨別顏色就能方便的從近似菌落中找出目的菌菌落的培養(yǎng)基。
