蛋白質(zhì)是作為生物體生命活動(dòng)的執(zhí)行者和體現(xiàn)者，所以從整體角度、全景式地研究不同時(shí)期、不同條件下細(xì)胞內(nèi)發(fā)生的蛋白質(zhì)變化具有重要的理論和應(yīng)用價(jià)值，這正是蛋白質(zhì)組學(xué)研究的意義。腫瘤是一種由環(huán)境和遺傳因素相互作用的多基因、多蛋白質(zhì)參與的常見(jiàn)多發(fā)病。隨著人類社會(huì)的老齡化、工業(yè)化程度的加劇和人類生活環(huán)境質(zhì)量的惡化，腫瘤的發(fā)生率日益上升，對(duì)人類的危害也在不斷升級(jí)中。所以闡明腫瘤的發(fā)生機(jī)制和早診斷早治療已經(jīng)成為不容緩的課題。利用蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)可以從整體上全面地、動(dòng)態(tài)地、定量地分析比較正常與癌變標(biāo)本中蛋白質(zhì)種類和數(shù)量的改變，這不僅有助于闡明腫瘤發(fā)病機(jī)制，還能篩選鑒定出腫瘤蛋白質(zhì)特異性標(biāo)記和特異性抗原，應(yīng)用于腫瘤的早期診斷、早期治療，此外對(duì)腫瘤的新藥研制也有重要的指導(dǎo)意義。其在腫瘤研究中的應(yīng)用有三點(diǎn)：

   1.闡明腫瘤的發(fā)病機(jī)制：腫瘤的發(fā)生涉及癌基因的激活、原癌基因的失活、凋亡抑制等多基因變化，是多種基因和蛋白質(zhì)相互作用的結(jié)果。蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)可為探索腫瘤發(fā)病機(jī)制提供有力的工具。

   2.篩選、鑒定腫瘤特異性標(biāo)記和特異性抗原：腫瘤的高危性主要在于早期診斷的困難。就目前研究結(jié)果而言，大多數(shù)腫瘤均缺乏腫瘤特異性的標(biāo)志物，或目前臨床使用的腫瘤標(biāo)志物過(guò)于單一，且特異性低，敏感性差。尋找更敏感、更具特異性的腫瘤標(biāo)志物成為目前工作的當(dāng)務(wù)之急。

   3.在*和藥物開(kāi)發(fā)中的應(yīng)用：通過(guò)蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)提供有效的藥物靶蛋白，這是迄今為止腫瘤藥物篩選研究中、zui有力的手段。目前已知的藥物靶蛋白的數(shù)目是400個(gè)左右，利用蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)比較研究正常的和癌變的細(xì)胞、組織后可發(fā)現(xiàn)某些蛋白質(zhì)出現(xiàn)特異性表達(dá)或表達(dá)異常，借此，有望在近年將藥物靶蛋白的數(shù)目擴(kuò)大至10000個(gè)左右。