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上海研鑫生物科技有限公司

華大基因Nature子刊發(fā)表表觀基因組研究

時(shí)間:2014-12-15閱讀:1030
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生物通報(bào)道:DNA甲基化對(duì)于理解復(fù)雜性狀很有幫助,而二型糖尿?。?/span>T2D)就是一種相當(dāng)復(fù)雜的性狀。這種疾病有許多致病因素,遺傳易感性和環(huán)境條件都能顯著影響個(gè)體的發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)。

華大基因和倫敦大學(xué)國王學(xué)院的研究團(tuán)隊(duì),通過高通量的全基因組甲基化DNA免疫共沉淀測序MeDIP-seq,獲得了27對(duì)同卵雙胞胎的全血DNA甲基化圖譜。這項(xiàng)研究發(fā)表在十二月十二日的Nature Communications雜志上,文章的通訊作者是華大基因的王俊和倫敦大學(xué)國王學(xué)院的Tim D. Spector。

血液中胰島素的或相對(duì)不足會(huì)引發(fā)糖尿病,這種疾病在當(dāng)今社會(huì)越來越常見。隨著人們生活水平的提高,糖尿病的發(fā)病率還在不斷攀升?,F(xiàn)在*約有三億六千六百萬的二型糖尿病患者,這一數(shù)字預(yù)計(jì)會(huì)在2030年上升到五億五千二百萬。

MeDIP-seq是一種低成本的全基因組DNA甲基化組分析方法。研究人員對(duì)測序結(jié)果進(jìn)行了綜合性的“組學(xué)”分析,鑒定了與T2D有關(guān)的甲基化差異區(qū)域(DMR)。隨后,他們?cè)?/span>42個(gè)非親屬T2D患者和221個(gè)對(duì)照中對(duì)這些位點(diǎn)進(jìn)行了驗(yàn)證。

研究顯示,MALT1基因的啟動(dòng)子存在很顯著的差異性甲基化,這個(gè)基因涉及了胰島素和血糖通路,并且與血液中的?;悄懰徕c水平有關(guān)。研究人員將甲基化數(shù)據(jù)與T2D GWAS meta分析結(jié)合起來,發(fā)現(xiàn)DMR集中在T2D的易感位點(diǎn)

參與這項(xiàng)研究的同卵雙胞胎,有些是雙雙罹患T2D,有些只有一人患病。研究人員發(fā)現(xiàn),GPR61?PRKCB基因的差異性甲基化,只存在于患病情況不同的雙胞胎中。進(jìn)一步研究說明,這兩個(gè)基因很可能與疾病有因果和先后關(guān)系。

這項(xiàng)研究告訴我們,將基因組和表觀基因組結(jié)合起來對(duì)同卵雙胞胎進(jìn)行研究,能夠獲得重要的疾病線索,為人們提供T2D等復(fù)雜疾病的新藥物靶標(biāo)和生物學(xué)指標(biāo)。

 

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