這項研究發(fā)現了肝細胞癌中基因組變化的不同模式，影響著這種疾病的重要參與因子。除了普通的點突變、結構性變異和甲基化變化之外，還有幾種病毒相關的變化，包括基因中斷或激活、嵌合病毒-人轉錄本形成和DNA拷貝數變化。如此多的基因組事件，可能有助于這種疾病的異質性。
肝細胞癌（HCC）是癌癥相關死亡的第三大原因，五年存活率小于10%。盡管每年有超過600,000新病例被確診，但是還沒有有效的靶向治療方法。HCC是高度異質性的，并與各種致病因素有關，包括乙型肝炎病毒（HBV）或丙型肝炎病毒（HCV）感染、飲酒和暴露于*和可能的氯乙烯。
zui近的基因組學研究揭示出一些新發(fā)現，包括TP53的頻發(fā)突變、Wnt信號成分CTNNB1和AXIN1、染色質調節(jié)因子如ARID1A和ARID2，以及靠近TERT、CCNE1和MLL4的HBV整合。這些研究在發(fā)現頻繁改變的基因方面存在不同，可能是由于研究組較?。?/span>25名患者）和HCC固有的異質性（由于幾個相關致病因素）。例如，激活CTNNB1突變與HBV感染是相互排斥的，因此在一個HBV感染患者居多的隊列中不會太突出。因此，不同研究在低頻度人群中發(fā)現不同的基因，就不足為奇，如ARID2、ARID1A和JAK1。構造HCC完整突變景觀的另一個困難是，大多數的先前研究具有集中性，因為對于一項單一研究來說，全面的檢測多種類型的基因組變化（包括點突變、缺失、結構變化和病毒介導的基因突變）并不常見。
先前的研究表明，HBV DNA經常融入人類基因組中，引起不同的變化，如DNA拷貝數變異、嵌合病毒-人類轉錄本融合和轉錄激活。考慮到HBV整合的破壞性，研究同樣情況下基因組變化的所有模式，是比較中肯的。
在這項研究中，研究人員聯合使用全基因組、外顯子組和轉錄組測序，對42名HCC患者進行深度測序，以確定HCC的突變景觀。研究發(fā)現了LAMA2基因中的多個高等位基因頻率突變。LAMA2基因編碼層粘連蛋白（基底膜的主要成分）的α亞基。除了作為細胞外基質的一個結構組分以外，基底膜還可以影響細胞的增殖和分化。有缺陷的層粘連蛋白錨定在癌癥中是很普遍的。
突變在細胞外基質組分（如LAMA2）中的高發(fā)生率，為這種相當復雜的疾病的潛在遺傳組分打開了新的一面。研究人員還發(fā)現了兩名攜帶IDH1突變的患者，以及一名攜帶縮短IDH1的患者。
腫瘤抑制因子BAP1在兩名患者中發(fā)生突變。以前的研究表明，HBV可隨機整合到人類基因組中，導致幾種基因組和基因變化。這項研究報道了8名HBV感染者中的HBV整合，包括以前報道的3個基因（TERT、CCNE1和MLL4）附近的整合。除了HCC中突變的個別基因之外，該研究還檢測了這種異質性疾病中基因組改變的不同模式，描述了有助于肝臟腫瘤發(fā)生的兩種常規(guī)突變和病毒相關變化。
