研究人員發(fā)現(xiàn)，在血漿中循環(huán)的游離DNA（cfDNA）能夠為預(yù)測基因表達(dá)提供線索。通過挖掘活性或非活性轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游的核小體差異，奧地利的研究人員開發(fā)出一種方法，根據(jù)cfDNA的讀取深度模式來估計基因表達(dá)。他們利用100多名健康個體的血液樣本建立了這種方法，并將其應(yīng)用在數(shù)百名癌癥患者的樣本上。
我們利用全基因組測序數(shù)據(jù)來確定基因表達(dá)的狀況。對于那些釋放DNA進(jìn)入循環(huán)系統(tǒng)的細(xì)胞，我們的研究帶來了新觀點(diǎn)，并擴(kuò)展了現(xiàn)有的cfDNA分析選項。
研究小組指出，漂浮在血液中的許多cfDNA代表了凋亡細(xì)胞的遺傳物質(zhì)，包括核小體中與蛋白質(zhì)復(fù)合物配對的DNA。因此，研究人員推斷，利用DNA讀取深度應(yīng)該能夠揭示與基因轉(zhuǎn)錄活性相關(guān)的核小體印跡。之前的微球菌核酸酶（MNase）分析表明，在基因轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游，無核小體的DNA片段將被轉(zhuǎn)錄。
考慮到這一點(diǎn)，他們首先著手研究與表達(dá)相關(guān)的核小體占據(jù)是否可通過cfDNA來檢測，以及這種標(biāo)志是否反映了基因表達(dá)。之后，研究人員進(jìn)一步擴(kuò)展了分析。他們獲取基因表達(dá)譜，以便從癌癥患者的血液樣本中搜索癌癥驅(qū)動基因。
研究人員從50名健康男性和54名健康女性中采集到179個血液樣本。他們利用Illumina的MiSeq和NextSeq儀器開展雙端測序，以鑒定血漿中與核小體相關(guān)的核DNA。然后，他們生成了單端測序數(shù)據(jù)，用它來評估轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)周圍的讀取深度模式，并參考現(xiàn)有的MNase圖以及ENCODE和FANTOM5項目的基因表達(dá)數(shù)據(jù)。這些信息也幫助研究人員開發(fā)出預(yù)測表達(dá)的算法。
之后，研究人員證明，對兩名乳*癌患者的循環(huán)腫瘤DNA進(jìn)行全基因組測序，可獲取基因表達(dá)和拷貝數(shù)圖譜。于是，他們接著采集了其他癌癥患者的血液樣本，包括轉(zhuǎn)移性結(jié)腸癌、肺癌或前列腺癌，查看了426個樣本的基因表達(dá)和拷貝數(shù)變化。
研究人員指出，這種方法似乎特別適合檢測影響癌癥驅(qū)動基因的擴(kuò)增。不過，他們警告說，它可能不適合在微小殘留病的背景下評估循環(huán)腫瘤DNA。
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