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北京雅安達(dá)生物技術(shù)有限公司

一種信息學(xué)算法快速篩選腫瘤特異抗原的方法

時間:2013-4-11閱讀:349
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 近日,由北京大學(xué)醫(yī)學(xué)部免疫學(xué)系的研究人員和美國貝勒醫(yī)學(xué)院合作,在篩選腫瘤特異抗原方面取得重要成果。代表性研究論文于近日在線發(fā)表在《癌癥研究》(Cancer Research)上。

腫瘤特異抗原(Tumor-specific antigen, TSA)具有在正常組織低表達(dá),而在腫瘤組織中高表達(dá)的特點,對腫瘤的早期診斷和腫瘤*都十分關(guān)鍵。部分腫瘤特異抗原被證明能有效誘導(dǎo)體內(nèi)免疫應(yīng)答,在腫瘤疫苗的研制中有重要價值。

篩選腫瘤特異抗原的傳統(tǒng)方法包括抑制性刪減雜交(SSH)和重組cDNA表達(dá)文庫的血清學(xué)分析(SEREX)等,實驗周期較長,且成本偏高。該研究團(tuán)隊首先采用生物信息學(xué)策略篩選腫瘤特異抗原,通過分析在臨床上已經(jīng)得到認(rèn)可的腫瘤特異抗原的表達(dá)譜特點,(北京研威恒達(dá)生物有限公司)開發(fā)出一套*的算法HEPA(heterogeneous expression profile analysis),能有效從基因組中篩選出腫瘤中高表達(dá)的基因,并用實驗方法進(jìn)行驗證,初步得到19個腫瘤特異抗原。研究人員隨后開發(fā)了一種新的篩選血清中抗體的方法PARSE (Protein A/G based reverse serum ELISA) ,用以檢測腫瘤患者血清中針對腫瘤特異抗原的自身特異性抗體。通過PARSE方法(北京研威恒達(dá)生物有限公司),研究人員發(fā)現(xiàn)在4~11的肺癌患者血清中,有針對四個新腫瘤抗原的自身特異性抗體,而在健康人血清中罕見。在兩組獨立的肺癌病人血清中,四種自身特異性抗體的聯(lián)合ROC曲線下面積均達(dá)0.71以上,提示可以作為診斷肺癌的聯(lián)合標(biāo)志物。

該研究提供了從分析腫瘤特異抗原表達(dá)譜特點入手,開發(fā)信息學(xué)算法快速篩選腫瘤特異抗原,到表達(dá)譜驗證,檢測腫瘤患者體液免疫反應(yīng)陽性率,再到腫瘤標(biāo)志物聯(lián)合診斷的一套完整思路,對腫瘤的早期診斷和腫瘤疫苗的研制都具有重要參考價值.

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