1. 超速離心法（差速離心）
超離法是常用的外泌體純化手段，采用低速離心、高速離心交替進行，可分離到大小相近的囊泡顆粒。超離法因操作簡單，獲得的囊泡數(shù)量較多而廣受歡迎，但過程比較費時，且回收率不穩(wěn)定（可能與轉(zhuǎn)子類型有關(guān)），純度也受到質(zhì)疑；此外，重復(fù)離心操作還有可能對囊泡造成損害，從而降低其質(zhì)量。
2. 密度梯度離心
在超速離心力作用下，使蔗糖溶液形成從低到高連續(xù)分布的密度階層，是一種區(qū)帶分離法。通過密度梯度離心，樣品中的外泌體將在1.13-1.19g/ml的密度范圍富集。此法獲得的外泌體純度較高，但步驟繁瑣，耗時，對離心時間極為敏感。
3. 色譜法
色譜法是利用根據(jù)凝膠孔隙的孔徑大小與樣品分子尺寸的相對關(guān)系而對溶質(zhì)進行分離的分析的方法。樣品中大分子不能進入凝膠孔，只能沿多孔凝膠粒子之間的空隙通過色譜柱，首先被流動相洗脫出來；小分子可進入凝膠中絕大部分孔洞，在柱中受到更強地滯留，更慢地被洗脫出。分離到的外泌體在電鏡下大小均一，但是需要特殊的設(shè)備，應(yīng)用不廣泛。
4. 超濾離心
由于外泌體是一個大小約幾十納米的囊狀小體，大于一般蛋白質(zhì)，利用不同截留相對分子質(zhì)量(MWCO)的超濾膜對樣品進行選擇性分離，便可獲得外泌體。超濾離心法簡單高效，且不影響外泌體的生物活性，是提取細胞外泌體的一種新方法。
5. 磁珠免疫法
外泌體表面有其特異性標記物（如CD63、CD9蛋白），用包被抗標記物抗體的磁珠與外泌體囊泡孵育后結(jié)合，即可將外泌體吸附并分離出來。磁珠法具有特異性高、操作簡便、不影響外泌體形態(tài)完整等優(yōu)點，但是效率低，外泌體生物活性易受pH和鹽濃度影響，不利于下游實驗，難以廣泛普及。
6. 多聚物沉淀法
聚乙二醇（PEG）為常用的多聚物，可與疏水性蛋白和脂質(zhì)分子結(jié)合共沉淀，早先應(yīng)用于從血清等樣本中收集病毒，現(xiàn)在也被用來沉淀外泌體，其原理可能與競爭性結(jié)合游離水分子有關(guān)。利用PEG沉淀外泌體存在不少問題：比如純度和回收率低，雜蛋白較多（假陽性），顆粒大小不均一，產(chǎn)生難以去除的聚合物，機械力或者吐溫-20等化學(xué)添加物將會破壞外泌體等，因此發(fā)表文章時易受質(zhì)疑。
